| 查看: 1334 | 回复: 1 | |||
astringent铜虫 (著名写手)
|
[交流]
求gromacs下QM/MM交作业pbs脚本 已有1人参与
|
| 最近用gmx和orca做qmmm，想在计算机集群上提交作业，我自己写了一个脚本，可是提交之后，根本没计算。请问大家有没有用gromcas做QMMMM交作业的pbs脚本？借鉴一些，不甚感激 |
回复此楼» 猜你喜欢
职称评审没过，求安慰
已经有55人回复
-
最近几年招的学生写论文不引自己组发的文章
已经有5人回复
-
26申博自荐
已经有3人回复
-
A期刊撤稿
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢
已经有5人回复
- 如何编写PBS作业的脚本？
已经有14人回复
- [新手求教]安装Gromacs后，查看pdb2gmx命令，显示无此命令
已经有9人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化
已经有4人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子
已经有7人回复
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
你可以看看能前台运行吗（不用脚本提交） 看看是你提交命令的脚本错了 还是PBS的脚本错了 这有一个普通的GROMACS的PBS脚本 #!/bin/bash #PBS -N simg-gmx-test #PBS -l nodes=1:beta:ppn=24 #PBS -q simg_queue #PBS -j oe nprocs=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cd $PBS_O_WORKDIR #========setup environment======== export GMXLIB=/public/home/simg/software/gromacs_v4/share/top #========prepare parameters for lam mpi======== uniq $PBS_NODEFILE > lamnodes recon -v lamnodes lamboot -v lamnodes rm -f lamnodes #========runing script========== grompp_mpi_v4 -f em.mdp -c com.gro -n index.ndx -p com.top -o em.tpr mdrun_mpi_v4 -s em.tpr -o em.trr -x em.xtc -c b4md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v grompp_mpi_v4 -f md.mdp -c b4md.gro -n index.ndx -p com.top -o md.tpr mpirun -np $nprocs mdrun_mpi_v4 -s md.tpr -o md.trr -x md.xtc -c aft_md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v > log |
2楼2012-04-02 18:53:29