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忆-雪

银虫 (小有名气)

[求助] 急求RT-PCR电泳图分析已有1人参与

急求各位高手忙我分析分析这是什么原因,第一张和第3张图右边的条带呈涂抹状,这是为什么?
图1:退火温度55度,为什么与marker相邻的两孔目的条带上下有条带,而另外两空却没有?(前两空和后两空模板合成时间不一样,后两孔模板合成快1周了,前两空是今天合成的。)
图2:退火温度58度,为什么后面几个条带呈涂抹状,是因为退火温度太高了吗?内参条带很亮,内参条带旁边的两空的条带跟我参考的文献片段长短不一样,文献报道是266bp,而我扩增出来的是300多bp,我合成的引物跟文献完全一致,这是为什么,难道这不是我的目的基因吗?我重复试验3次,结果都一样。
图3:退火温度48度,结果同图2后面条带一致,呈涂抹状,我试过50度,55度,结果都是涂抹状,这是为什么?
扩增体系是20ul,其中引物1ul,cDNA2ul
PCR条件:94度,5min;94度 30s;退火温度上述温度;72度45s,循环30次,72度 7min.

现在很是惆怅,希望各位高手帮我这菜鸟分析分析!

内参图,退火温度55度



内参和样品图



48度样品图
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by atlanticwi at 2012-03-29 00:36:38:
嗯 个人看法:
1. 这种涂抹,也就是Smear,简称弥散带,在条带上还是条带下Smear都是有讲究的,一般单单是上部Smear普遍是Template过量,上下都Smear就问题多了,退火时间长、退火温度低等等太多了,建议找TaKaR ...

只有条带下面有smear,也可能是DNA有降解吧~个人意见
5楼2012-03-29 17:35:21
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

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引用回帖:
15楼: Originally posted by 忆-雪 at 2012-04-02 09:16:32:
表达呢,昨天我在58°p出来了,但是条带比较淡,我循环了39次,退火温度57时也P出来了,但是有其他非特异性条带,我下一步该如何做呢

39次循环太多了,只要稍微有点非特异结合,在这么多轮循环之后也能扩增出产物的。建议还是用30个循环。
16楼2012-04-02 11:39:22
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
17楼: Originally posted by 忆-雪 at 2012-04-03 20:15:07:
30个循环做了,P不出来,35个也P不出来,又改回39个P出来了,这该怎么办

不好意思,刚看到……39个循环才P出来,我觉得是非特异扩增了。你的阴性对照怎么样(用水代替模板)?
20楼2012-04-29 17:33:03
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