应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 把一个pdb的蛋白质复合物 保存成prmtop 和inpcrd 文件
51/1返回列表
查看: 2392  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

sunmuer

木虫 (小有名气)

[求助] 把一个pdb的蛋白质复合物 保存成prmtop 和inpcrd 文件

复合物中小分子的名字是 19
第一步tleap
第二步 source  leaprc.gaff
第三步 loadamberparams 19.frcmod
第四步  check  19.frcmod()
  第五步 source leaprc.ff03
  第六步 ss = loadpdb 1k4f.pdb
第七步 check ss
第八步 saveamberparm ss ss.prmtop ss.inpcrd
可是保存不成功 怎么回事呢Sample Text
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
出清水而不染
1楼 2012-03-06 18:45:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunmuer

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-03-16 09:11:58:
在check的时候注意看一下软件给你反馈的信息。如果check的结果里面有ERROR（一般是AMBER不识别你复合物里的残基编号或者是原子类型），那你就需要把这些错误修改好，否则是不能保存成拓扑文件和坐标文件的。

如果是这样的错误 不识别我小分子的原子类型 需要怎么改呢
赞一下 回复此楼
出清水而不染
3楼2012-03-28 10:55:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sunmuer: 金币+5, ★★★★★最佳答案, jiejue le ,3x anwaa 2012-03-16 21:08:44
zh1987hs: 金币+3, thank you 2012-03-28 22:35:27
在check的时候注意看一下软件给你反馈的信息。如果check的结果里面有ERROR（一般是AMBER不识别你复合物里的残基编号或者是原子类型），那你就需要把这些错误修改好，否则是不能保存成拓扑文件和坐标文件的。
赞一下 回复此楼
努力的生活着
2楼2012-03-16 09:11:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, thank you 2012-03-28 22:37:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by sunmuer at 2012-03-28 10:55:22:
如果是这样的错误 不识别我小分子的原子类型 需要怎么改呢

如果原子类型不正确的话，那就只有手动修改原子类型了。至少我只会这种修改方式。具体做法就是用文本编辑模式打开你的pdb文件，然后按照AMBER中提示你不正确的原子编号，找到该原子，进行修改。我说的这个就是我自己的处理这类问题的方法，可能不是最好的。
赞一下(1人) 回复此楼
努力的生活着
4楼2012-03-28 16:54:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:27 by 9i7PCSZyMzot
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:27 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:15 by 9i7PCSZyMzot
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:15 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:03 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:51 by 9i7PCSZyMzot
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:15 by 9i7PCSZyMzot
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:03 by 9i7PCSZyMzot
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-20 00:03 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:51 by 9i7PCSZyMzot
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:39 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:27 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:03 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:03 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-18 7/350 2026-09-19 21:03 by 9i7PCSZyMzot
[教师之家] 现代”学阀”该如何界定 +3 iaeyuan 2026-09-19 3/150 2026-09-19 20:52 by 没昵称呀
[基金申请] 国社科系统bug了，是不是要放榜了？ +7 kynobel 2026-09-16 9/450 2026-09-19 14:52 by 接好运婷
[考博] 申博发邮件 +8 Lmengk 2026-09-15 9/450 2026-09-19 09:27 by 中间体超市
[有机交流] 各位大神，目前国内有哪些比较好用的逆合成软件？ 20+3 zapen 2026-09-15 9/450 2026-09-18 18:17 by zapen
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组｜2027级博士研究生招生公告 +7 水士口 2026-09-16 8/400 2026-09-16 13:47 by kkklens
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭