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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 把一个pdb的蛋白质复合物 保存成prmtop 和inpcrd 文件
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sunmuer

木虫 (小有名气)

[求助] 把一个pdb的蛋白质复合物 保存成prmtop 和inpcrd 文件

复合物中小分子的名字是 19
第一步tleap
第二步 source  leaprc.gaff
第三步 loadamberparams 19.frcmod
第四步  check  19.frcmod()
  第五步 source leaprc.ff03
  第六步 ss = loadpdb 1k4f.pdb
第七步 check ss
第八步 saveamberparm ss ss.prmtop ss.inpcrd
可是保存不成功 怎么回事呢Sample Text
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出清水而不染
1楼 2012-03-06 18:45:18
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sunmuer: 金币+5, ★★★★★最佳答案, jiejue le ,3x anwaa 2012-03-16 21:08:44
zh1987hs: 金币+3, thank you 2012-03-28 22:35:27
在check的时候注意看一下软件给你反馈的信息。如果check的结果里面有ERROR（一般是AMBER不识别你复合物里的残基编号或者是原子类型），那你就需要把这些错误修改好，否则是不能保存成拓扑文件和坐标文件的。
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努力的生活着
2楼2012-03-16 09:11:58
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sunmuer

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-03-16 09:11:58:
在check的时候注意看一下软件给你反馈的信息。如果check的结果里面有ERROR（一般是AMBER不识别你复合物里的残基编号或者是原子类型），那你就需要把这些错误修改好，否则是不能保存成拓扑文件和坐标文件的。

如果是这样的错误 不识别我小分子的原子类型 需要怎么改呢
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出清水而不染
3楼2012-03-28 10:55:22
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, thank you 2012-03-28 22:37:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by sunmuer at 2012-03-28 10:55:22:
如果是这样的错误 不识别我小分子的原子类型 需要怎么改呢

如果原子类型不正确的话，那就只有手动修改原子类型了。至少我只会这种修改方式。具体做法就是用文本编辑模式打开你的pdb文件，然后按照AMBER中提示你不正确的原子编号，找到该原子，进行修改。我说的这个就是我自己的处理这类问题的方法，可能不是最好的。
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努力的生活着
4楼2012-03-28 16:54:56
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