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[求助]
关于GRASP软件和protein surface cavity 分析方面的求教！
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各位好，初次在这里发帖，希望大家多多关照。我在日本留学，最近导师给了研究方向。让对从蛋白质结构数据库下载的PDB格式的文件进行分析。以得到蛋白质分子表面空腔（英文是protein surface cavity,我翻译的不知正确与否）的一些基本特征，比如空腔的大小，形状，所带电子数，疏水性等。 现在有几个问题想求教大家： 1。 蛋白质数据库中的PDB文件能否批量下载？ 导师的想法是让我用java 自己写个程序自动的批量下载PDB文件，然后把这些文件在批量的输入某种第三方计算软件（他给推荐的是GRASP）对其进行分析得出分子表明的空腔的特征。 2。 protein surface cavity准确的翻译成中文是什么？ 我自己觉得是蛋白质分子表面空腔/空洞，但以此关键词在网络上搜不到相关资料。有同类研究的朋友能否给些建议和指点? 3。 有没有朋友用过GRASP这个软件，能否提供一些中文的使用指南？ 我自己网上查到的资料仅有这个软件开发者公布的一个wiki，http://wiki.c2b2.columbia.edu/ho ... .php/Software:GRASP GRASP: A molecular visualization package for SGI machines ONLY which focuses on the mapping of various properties on the molecular surface. For a Windows operating system please download GRASP2. Note that there is no version for linux at this time. GRASP2: A new version of GRASP for the Windows operating system (except for Vista) NOT for linux, with an enhanced GUI and new scientific tools. 因为我目前没有SGI 环境，只好用GRASP2,可是这个的manual还是个半成品,没法参考. [ Last edited by ghcacj on 2011-4-20 at 16:11 ] |
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