| 查看: 907 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
关于GRASP软件和protein surface cavity 分析方面的求教!
|
||
|
各位好,初次在这里发帖,希望大家多多关照。我在日本留学,最近导师给了研究方向。让对从蛋白质结构数据库下载的PDB格式的文件进行分析。以得到蛋白质分子表面空腔(英文是protein surface cavity,我翻译的不知正确与否)的一些基本特征,比如空腔的大小,形状,所带电子数,疏水性等。 现在有几个问题想求教大家: 1。 蛋白质数据库中的PDB文件能否批量下载? 导师的想法是让我用java 自己写个程序自动的批量下载PDB文件,然后把这些文件在批量的输入某种第三方计算软件(他给推荐的是GRASP)对其进行分析得出分子表明的空腔的特征。 2。 protein surface cavity准确的翻译成中文是什么? 我自己觉得是蛋白质分子表面空腔/空洞,但以此关键词在网络上搜不到相关资料。有同类研究的朋友能否给些建议和指点? 3。 有没有朋友用过GRASP这个软件,能否提供一些中文的使用指南? 我自己网上查到的资料仅有这个软件开发者公布的一个wiki,http://wiki.c2b2.columbia.edu/ho ... .php/Software:GRASP GRASP: A molecular visualization package for SGI machines ONLY which focuses on the mapping of various properties on the molecular surface. For a Windows operating system please download GRASP2. Note that there is no version for linux at this time. GRASP2: A new version of GRASP for the Windows operating system (except for Vista) NOT for linux, with an enhanced GUI and new scientific tools. 因为我目前没有SGI 环境,只好用GRASP2,可是这个的manual还是个半成品,没法参考. [ Last edited by ghcacj on 2011-4-20 at 16:11 ] |
» 猜你喜欢
上海工程技术大学【激光智能制造】课题组招收硕士
已经有6人回复
带资进组求博导收留
已经有11人回复
自荐读博
已经有5人回复
求个博导看看
已经有16人回复
上海工程技术大学张培磊教授团队招收博士生
已经有4人回复
求助院士们,这个如何合成呀
已经有4人回复
临港实验室与上科大联培博士招生1名
已经有9人回复
写了一篇“相变储能技术在冷库中应用”的论文,论文内容以实验为主,投什么期刊合适?
已经有6人回复
最近几年招的学生写论文不引自己组发的文章
已经有11人回复
中科院杭州医学所招收博士生一名(生物分析化学、药物递送)
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
使用什么仪器来分析铝板上的石墨?
已经有7人回复
求教做过氢化反应的兄弟,都用什么容器装氢气呢?
已经有59人回复
求教肝素抗凝血的原理
已经有4人回复
因为要研究蛋白质相互作用,求protein binding相关的protocol !!
已经有9人回复
关于Pd电极表面积计算及capacitive surface area
已经有7人回复
关于跟踪某个研究热点
已经有4人回复
金属塑性成型数值模拟方面的文章,无实验,该投什么样的SCI期刊呢
已经有7人回复
SUZUKI反应求教
已经有22人回复
氧化亚氮检测
已经有5人回复
【求助】请教关于氨基酸全自动分析仪结果
已经有6人回复
【求助】求教一个单位换算问题
已经有4人回复
Applied surface science
已经有11人回复
【求助】HPLC出峰时间为什么变了?
已经有15人回复
liluweim77
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1191.3
- 散金: 259
- 红花: 2
- 帖子: 730
- 在线: 188.2小时
- 虫号: 592495
- 注册: 2008-09-04
- 性别: GG
- 专业: 金属有机化学
3楼2014-02-11 12:09:17
2楼2011-04-22 08:54:58
chengjie1230
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 227.5
- 散金: 10
- 红花: 1
- 帖子: 142
- 在线: 54.9小时
- 虫号: 2666764
- 注册: 2013-09-20
- 性别: GG
- 专业: 环境化工
4楼2017-05-14 17:00:07







回复此楼