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jackyma

新虫 (小有名气)

[求助] 关于GRASP软件和protein surface cavity 分析方面的求教!

各位好,初次在这里发帖,希望大家多多关照。我在日本留学,最近导师给了研究方向。让对从蛋白质结构数据库下载的PDB格式的文件进行分析。以得到蛋白质分子表面空腔(英文是protein surface cavity,我翻译的不知正确与否)的一些基本特征,比如空腔的大小,形状,所带电子数,疏水性等。
现在有几个问题想求教大家:
1。 蛋白质数据库中的PDB文件能否批量下载?
导师的想法是让我用java 自己写个程序自动的批量下载PDB文件,然后把这些文件在批量的输入某种第三方计算软件(他给推荐的是GRASP)对其进行分析得出分子表明的空腔的特征。

2。 protein surface cavity准确的翻译成中文是什么?
我自己觉得是蛋白质分子表面空腔/空洞,但以此关键词在网络上搜不到相关资料。有同类研究的朋友能否给些建议和指点?

3。 有没有朋友用过GRASP这个软件,能否提供一些中文的使用指南?
我自己网上查到的资料仅有这个软件开发者公布的一个wiki,http://wiki.c2b2.columbia.edu/ho ... .php/Software:GRASP
GRASP: A molecular visualization package for SGI machines ONLY which focuses on the mapping of various properties on the molecular surface. For a Windows operating system please download GRASP2. Note that there is no version for linux at this time.
GRASP2: A new version of GRASP for the Windows operating system (except for Vista) NOT for linux, with an enhanced GUI and new scientific tools.
因为我目前没有SGI 环境,只好用GRASP2,可是这个的manual还是个半成品,没法参考.

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-20 at 16:11 ]
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jackyma

新虫 (小有名气)

自己顶一个,别沉下去了,大侠帮帮忙!
2楼2011-04-22 08:54:58
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liluweim77

金虫 (正式写手)

你找到方法了吗?
3楼2014-02-11 12:09:17
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chengjie1230

银虫 (小有名气)

您好,请问GRASP2在哪下载的,您那里还有这个软件吗?
4楼2017-05-14 17:00:07
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