| 查看: 1170 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
关于GRASP软件和protein surface cavity 分析方面的求教！
|
||
|
各位好，初次在这里发帖，希望大家多多关照。我在日本留学，最近导师给了研究方向。让对从蛋白质结构数据库下载的PDB格式的文件进行分析。以得到蛋白质分子表面空腔（英文是protein surface cavity,我翻译的不知正确与否）的一些基本特征，比如空腔的大小，形状，所带电子数，疏水性等。 现在有几个问题想求教大家： 1。 蛋白质数据库中的PDB文件能否批量下载？ 导师的想法是让我用java 自己写个程序自动的批量下载PDB文件，然后把这些文件在批量的输入某种第三方计算软件（他给推荐的是GRASP）对其进行分析得出分子表明的空腔的特征。 2。 protein surface cavity准确的翻译成中文是什么？ 我自己觉得是蛋白质分子表面空腔/空洞，但以此关键词在网络上搜不到相关资料。有同类研究的朋友能否给些建议和指点? 3。 有没有朋友用过GRASP这个软件，能否提供一些中文的使用指南？ 我自己网上查到的资料仅有这个软件开发者公布的一个wiki，http://wiki.c2b2.columbia.edu/ho ... .php/Software:GRASP GRASP: A molecular visualization package for SGI machines ONLY which focuses on the mapping of various properties on the molecular surface. For a Windows operating system please download GRASP2. Note that there is no version for linux at this time. GRASP2: A new version of GRASP for the Windows operating system (except for Vista) NOT for linux, with an enhanced GUI and new scientific tools. 因为我目前没有SGI 环境，只好用GRASP2,可是这个的manual还是个半成品,没法参考. [ Last edited by ghcacj on 2011-4-20 at 16:11 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？
已经有3人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
国自然评审意见
已经有15人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有13人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有14人回复
-
系统查不到
已经有11人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
-
基金不中，共勉
已经有11人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有9人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 使用什么仪器来分析铝板上的石墨？
已经有7人回复
- 求教做过氢化反应的兄弟，都用什么容器装氢气呢?
已经有59人回复
- 求教肝素抗凝血的原理
已经有4人回复
- 因为要研究蛋白质相互作用，求protein binding相关的protocol ！！
已经有9人回复
- 关于Pd电极表面积计算及capacitive surface area
已经有7人回复
- 关于跟踪某个研究热点
已经有4人回复
- 金属塑性成型数值模拟方面的文章，无实验，该投什么样的SCI期刊呢
已经有7人回复
- SUZUKI反应求教
已经有22人回复
- 氧化亚氮检测
已经有5人回复
- 【求助】请教关于氨基酸全自动分析仪结果
已经有6人回复
- 【求助】求教一个单位换算问题
已经有4人回复
- Applied surface science
已经有11人回复
- 【求助】HPLC出峰时间为什么变了？
已经有15人回复
chengjie1230
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 227.5
- 散金: 10
- 红花: 1
- 帖子: 142
- 在线: 54.9小时
- 虫号: 2666764
- 注册: 2013-09-20
- 性别: GG
- 专业: 环境化工
4楼2017-05-14 17:00:07
2楼2011-04-22 08:54:58
liluweim77
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1191.3
- 散金: 259
- 红花: 2
- 帖子: 730
- 在线: 188.2小时
- 虫号: 592495
- 注册: 2008-09-04
- 性别: GG
- 专业: 金属有机化学
3楼2014-02-11 12:09:17
投票:
30