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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 在windows下如何将.mol2格式的分子导入database数据库中
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shouling

金虫 (正式写手)

[求助] 在windows下如何将.mol2格式的分子导入database数据库中

现在正在利用sybyl-x进行分子对接，但是现在有个问题就是我先在sybyl中建立一个数据库，然后我把用chemdraw 3D转换的mol2格式的文件直接拷贝到改文件夹中，奇怪的是在sybyl中file-database-open中打开刚才的数据库时，发现里面根本就什么都没有，请大家帮我看看怎么回事，当然了，金币是少不了的了，希望大家多多献计
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1楼2012-03-05 13:27:37
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zhenguo86

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-03-05 15:23:39
open 只是将数据库处于开启状态，import file才是导入
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2楼2012-03-05 15:03:15
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shouling

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by zhenguo86 at 2012-03-05 15:03:15:
open 只是将数据库处于开启状态，import file才是导入

那请问我怎么样才能将mol2的文件导入到数据库中呢
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3楼2012-03-05 15:55:29
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shouling

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by zhenguo86 at 2012-03-05 15:03:15:
open 只是将数据库处于开启状态，import file才是导入

您有QQ吗？咱们还是在QQ上聊吧，我加你
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4楼2012-03-05 15:56:24
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zhenguo86

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-03-06 00:12:01
御剑江湖(金币+3): 谢谢回帖交流！ 2012-03-14 19:11:29
引用回帖:
3楼: Originally posted by shouling at 2012-03-05 15:55:29:
那请问我怎么样才能将mol2的文件导入到数据库中呢

file-database-new
命名数据库
file-database-open
import file
将mol2导入
将分子命名
file-database-put molecular
就好了
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5楼2012-03-05 23:09:12
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ky96998

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shouling(金币+20): ★★★很有帮助 2012-03-14 18:42:38
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-26 17:29:09
你先把所有的MOL2格式的分子用sybyl-x打开，然后建立一个新的database，然后再再选定所有的分子put into database就行了啊
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6楼2012-03-13 10:00:16
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shouling

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by zhenguo86 at 2012-03-05 23:09:12:
file-database-new
命名数据库
file-database-open
import file
将mol2导入
将分子命名
file-database-put molecular
就好了

好的，谢谢，我试试，我怎么给你金币啊
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7楼2012-03-14 18:42:08
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d_for

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by shouling at 2012-03-14 18:42:08:
好的，谢谢，我试试，我怎么给你金币啊

怎么将分子命名啊？edit那里是黑色的，导入之后。
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8楼2012-04-26 17:17:17
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d_for

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by d_for at 2012-04-26 17:17:17:
怎么将分子命名啊？edit那里是黑色的，导入之后。

Reading mol file...
Reading molecule
Unnamed Molecule M1 Not Added to Database
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9楼2012-04-26 17:19:26
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