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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps里面如何使用fene
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chaonie

铜虫 (初入文坛)

[求助] Lammps里面如何使用fene

我想在模拟时候考虑fene potential， 但是我不知道怎么使用fene的命令，仅仅使用bond_style好像不行，但是我不知道还要使用其他什么命令，谁能帮帮我？？
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1楼 2012-02-28 05:43:07
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+3): 2012-02-28 09:42:02
chaonie(金币+1): ★有帮助 2012-03-01 05:58:06
先仔细看看手册说明：http://lammps.sandia.gov/doc/bond_fene.html

然后要加上：
pair_style       lj/cut/coul/long
pair_modify      shift yes
bond_style        fene
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2楼2012-02-28 08:48:58
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xudi1127

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
pair style定不定coul对使用FENE不影响吧，pair_modify 是针对pair_style的修饰。bond_style后面加上bond_coefficient
请版主指正，我也刚刚开始lammps
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3楼2012-02-28 12:47:47
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2012-03-01 07:24:27
引用回帖:
3楼: Originally posted by xudi1127 at 2012-02-28 12:47:47:
pair style定不定coul对使用FENE不影响吧，pair_modify 是针对pair_style的修饰。bond_style后面加上bond_coefficient
请版主指正，我也刚刚开始lammps

恩，多谢你你的提醒。

我之前模拟的时候用过FENE，我当时的模拟FENE势的前一分部和后一部分分开的，所以就写了上面的内容。看到楼主的问题，就直接发了。

非常感谢你的提醒。

用这个势函数，最重要的是在data 文件中把 BOND 部分写好，给好相关的参数值。
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4楼2012-02-28 14:54:49
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chaonie

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-28 14:54:49:
恩，多谢你你的提醒。

我之前模拟的时候用过FENE，我当时的模拟FENE势的前一分部和后一部分分开的，所以就写了上面的内容。看到楼主的问题，就直接发了。

非常感谢你的提醒。

用这个势函数，最重要的是 ...

必须在data文件里面写bond的信息么？？
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5楼2012-02-29 04:28:06
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by chaonie at 2012-02-29 04:28:06:
必须在data文件里面写bond的信息么？？

是
仔细阅读手册
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6楼2012-02-29 07:34:33
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chaonie

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-29 07:34:33:
是
仔细阅读手册

我在手册里面怎么没有找见如何写data. 文件的方法啊？？我自己找了一个data文件然后写改了一下，然后就出现问题了: 我所需要的分子链和墙重合了，这是怎么回事啊？？
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7楼2012-03-01 06:10:22
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by chaonie at 2012-03-01 06:10:22:
我在手册里面怎么没有找见如何写data. 文件的方法啊？？我自己找了一个data文件然后写改了一下，然后就出现问题了: 我所需要的分子链和墙重合了，这是怎么回事啊？？

这是data文件格式：http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html
你参考其他例子里面的格式，多看看就知道怎么写了。


分子链和墙重合，那是因为你的模型没有建好，你可以移动一下分子链或者墙的位置，模拟之前要能量最小化一下http://lammps.sandia.gov/doc/minimize.html
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8楼2012-03-01 08:33:37
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