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chaonie

铜虫 (初入文坛)

[求助] Lammps里面如何使用fene

我想在模拟时候考虑fene potential, 但是我不知道怎么使用fene的命令,仅仅使用bond_style好像不行,但是我不知道还要使用其他什么命令,谁能帮帮我??
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
chaizhm(金币+3): 2012-02-28 09:42:02
chaonie(金币+1): 有帮助 2012-03-01 05:58:06
先仔细看看手册说明:http://lammps.sandia.gov/doc/bond_fene.html

然后要加上:
pair_style       lj/cut/coul/long
pair_modify      shift yes
bond_style        fene
2楼2012-02-28 08:48:58
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xudi1127

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
pair style定不定coul对使用FENE不影响吧,pair_modify 是针对pair_style的修饰。bond_style后面加上bond_coefficient
请版主指正,我也刚刚开始lammps
3楼2012-02-28 12:47:47
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

zh1987hs(金币+5): 谢谢 2012-03-01 07:24:27
引用回帖:
3楼: Originally posted by xudi1127 at 2012-02-28 12:47:47:
pair style定不定coul对使用FENE不影响吧,pair_modify 是针对pair_style的修饰。bond_style后面加上bond_coefficient
请版主指正,我也刚刚开始lammps

恩,多谢你你的提醒。

我之前模拟的时候用过FENE,我当时的模拟FENE势的前一分部和后一部分分开的,所以就写了上面的内容。看到楼主的问题,就直接发了。

非常感谢你的提醒。

用这个势函数,最重要的是在data 文件中把 BOND 部分写好,给好相关的参数值。


4楼2012-02-28 14:54:49
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chaonie

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-28 14:54:49:
恩,多谢你你的提醒。

我之前模拟的时候用过FENE,我当时的模拟FENE势的前一分部和后一部分分开的,所以就写了上面的内容。看到楼主的问题,就直接发了。

非常感谢你的提醒。

用这个势函数,最重要的是 ...

必须在data文件里面写bond的信息么??
5楼2012-02-29 04:28:06
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by chaonie at 2012-02-29 04:28:06:
必须在data文件里面写bond的信息么??


仔细阅读手册
6楼2012-02-29 07:34:33
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chaonie

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-29 07:34:33:

仔细阅读手册

我在手册里面怎么没有找见如何写data. 文件的方法啊??我自己找了一个data文件然后写改了一下,然后就出现问题了: 我所需要的分子链和墙重合了,这是怎么回事啊??
7楼2012-03-01 06:10:22
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
7楼: Originally posted by chaonie at 2012-03-01 06:10:22:
我在手册里面怎么没有找见如何写data. 文件的方法啊??我自己找了一个data文件然后写改了一下,然后就出现问题了: 我所需要的分子链和墙重合了,这是怎么回事啊??

这是data文件格式:http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html
你参考其他例子里面的格式,多看看就知道怎么写了。


分子链和墙重合,那是因为你的模型没有建好,你可以移动一下分子链或者墙的位置,模拟之前要能量最小化一下http://lammps.sandia.gov/doc/minimize.html
8楼2012-03-01 08:33:37
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