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320080920001

金虫 (正式写手)

[求助] 蛋白分子建模 小分子化合物画图 酶与配体的分子模拟

大家好 我是学生物专业的 以前没有接触过分子计算模拟 现在想用同源建模拿到我的目的蛋白的近似结构,然后用(?不知道用什么软件)得到我的蛋白特定位点的突变体以及小分子配体的analog的分子文件,然后进行对接筛选。不知道怎么做,之前通过swiss-model database做了一下同源建模,然后挑了几个突变位点,现在在做克隆,但是还是觉得做一下分子对接比较安心,怕以后发现之前的工作一点意义都没有。请求帮助啊,我装了Pymol和DS,但是还不会用,而且英文教程又太难看懂(看的很慢),不知道有没有好的例子(文献)或者教程、经验可以分享一下?
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320080920001

金虫 (正式写手)

2楼2012-02-28 16:53:23
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-29 07:38:19
320080920001: 回帖置顶 2012-04-22 00:10:21
要是没有商业软件,其实用Autodock做对接是一个不错的选择。小分子的三维结构可以用chem3d派生,如果没有,可以试试prodrg服务器的在线生成。
3楼2012-02-29 07:21:17
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 2012-02-29 15:18:27
320080920001: 金币+1, 有帮助, 是这么个流程 2012-04-22 00:10:14
你说的这几个目的用ds都能实现,先homology modeling ,然后built mutant,然后在做对接
4楼2012-02-29 11:22:07
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320080920001

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 870609 at 2012-02-29 11:22:07:
你说的这几个目的用ds都能实现,先homology modeling ,然后built mutant,然后在做对接

嗯 我知道大概流程 但是具体做homology modeling 以及构建突变体结构,画配体分子,对接都不熟 0基础啊
5楼2012-03-01 00:46:12
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+3): 感谢指导新手 2012-03-01 08:37:02
320080920001: 金币+7, ★★★很有帮助, 但是这本书还是太简单啊 而且其中的DS是收费软件的说 简直是在打广告啊 2012-04-22 00:09:34
建议你去找一本名字叫《蛋白质结构预测实验指南》化工出版社岳俊杰编的书,上面有比较简单的操作方法,此外你再去分子模拟论坛上找一些相关实验资料基本就能上手了。
6楼2012-03-01 07:36:09
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320080920001

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-02-29 07:21:17:
要是没有商业软件,其实用Autodock做对接是一个不错的选择。小分子的三维结构可以用chem3d派生,如果没有,可以试试prodrg服务器的在线生成。

话说找不到prodrg的链接啊
7楼2012-04-22 00:10:59
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org


【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1 2012-04-22 09:51:48
320080920001: 金币+2, 有帮助, 看看 2012-04-29 10:52:11
8楼2012-04-22 01:02:24
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perfectshit

禁言 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

9楼2012-04-22 20:38:41
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jumper158

金虫 (正式写手)

DS ,那么方便的都觉得麻烦,真不知道说什么额
游走于牛A与牛C之间,谁的青春不苦憋
10楼2012-04-25 18:07:30
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