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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 蛋白分子建模 小分子化合物画图 酶与配体的分子模拟
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320080920001

金虫 (正式写手)

[求助] 蛋白分子建模 小分子化合物画图 酶与配体的分子模拟

大家好 我是学生物专业的 以前没有接触过分子计算模拟 现在想用同源建模拿到我的目的蛋白的近似结构，然后用（？不知道用什么软件）得到我的蛋白特定位点的突变体以及小分子配体的analog的分子文件，然后进行对接筛选。不知道怎么做，之前通过swiss-model database做了一下同源建模，然后挑了几个突变位点，现在在做克隆，但是还是觉得做一下分子对接比较安心，怕以后发现之前的工作一点意义都没有。请求帮助啊，我装了Pymol和DS，但是还不会用，而且英文教程又太难看懂（看的很慢），不知道有没有好的例子（文献）或者教程、经验可以分享一下？
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1楼 2012-02-21 17:37:49
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320080920001

金虫 (正式写手)
顶起
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2楼2012-02-28 16:53:23
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-29 07:38:19
320080920001: 回帖置顶 2012-04-22 00:10:21
要是没有商业软件，其实用Autodock做对接是一个不错的选择。小分子的三维结构可以用chem3d派生，如果没有，可以试试prodrg服务器的在线生成。
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3楼2012-02-29 07:21:17
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 2012-02-29 15:18:27
320080920001: 金币+1, ★有帮助, 是这么个流程 2012-04-22 00:10:14
你说的这几个目的用ds都能实现，先homology modeling ，然后built mutant，然后在做对接
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4楼2012-02-29 11:22:07
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320080920001

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 870609 at 2012-02-29 11:22:07:
你说的这几个目的用ds都能实现，先homology modeling ，然后built mutant，然后在做对接

嗯 我知道大概流程 但是具体做homology modeling 以及构建突变体结构，画配体分子，对接都不熟 0基础啊
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5楼2012-03-01 00:46:12
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+3): 感谢指导新手 2012-03-01 08:37:02
320080920001: 金币+7, ★★★很有帮助, 但是这本书还是太简单啊 而且其中的DS是收费软件的说 简直是在打广告啊 2012-04-22 00:09:34
建议你去找一本名字叫《蛋白质结构预测实验指南》化工出版社岳俊杰编的书，上面有比较简单的操作方法，此外你再去分子模拟论坛上找一些相关实验资料基本就能上手了。
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6楼2012-03-01 07:36:09
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320080920001

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-02-29 07:21:17:
要是没有商业软件，其实用Autodock做对接是一个不错的选择。小分子的三维结构可以用chem3d派生，如果没有，可以试试prodrg服务器的在线生成。

话说找不到prodrg的链接啊
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7楼2012-04-22 00:10:59
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1 2012-04-22 09:51:48
320080920001: 金币+2, ★有帮助, 看看 2012-04-29 10:52:11
prodrg链接 http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
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8楼2012-04-22 01:02:24
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perfectshit

禁言 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2012-04-22 20:38:41
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jumper158

金虫 (正式写手)
DS ，那么方便的都觉得麻烦，真不知道说什么额
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游走于牛A与牛C之间，谁的青春不苦憋
10楼2012-04-25 18:07:30
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