24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 4077  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

320080920001

金虫 (正式写手)

[求助] 蛋白分子建模 小分子化合物画图 酶与配体的分子模拟

大家好 我是学生物专业的 以前没有接触过分子计算模拟 现在想用同源建模拿到我的目的蛋白的近似结构,然后用(?不知道用什么软件)得到我的蛋白特定位点的突变体以及小分子配体的analog的分子文件,然后进行对接筛选。不知道怎么做,之前通过swiss-model database做了一下同源建模,然后挑了几个突变位点,现在在做克隆,但是还是觉得做一下分子对接比较安心,怕以后发现之前的工作一点意义都没有。请求帮助啊,我装了Pymol和DS,但是还不会用,而且英文教程又太难看懂(看的很慢),不知道有没有好的例子(文献)或者教程、经验可以分享一下?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-29 07:38:19
320080920001: 回帖置顶 2012-04-22 00:10:21
要是没有商业软件,其实用Autodock做对接是一个不错的选择。小分子的三维结构可以用chem3d派生,如果没有,可以试试prodrg服务器的在线生成。
3楼2012-02-29 07:21:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 2012-02-29 15:18:27
320080920001: 金币+1, 有帮助, 是这么个流程 2012-04-22 00:10:14
你说的这几个目的用ds都能实现,先homology modeling ,然后built mutant,然后在做对接
4楼2012-02-29 11:22:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

320080920001

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 870609 at 2012-02-29 11:22:07:
你说的这几个目的用ds都能实现,先homology modeling ,然后built mutant,然后在做对接

嗯 我知道大概流程 但是具体做homology modeling 以及构建突变体结构,画配体分子,对接都不熟 0基础啊
5楼2012-03-01 00:46:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+3): 感谢指导新手 2012-03-01 08:37:02
320080920001: 金币+7, ★★★很有帮助, 但是这本书还是太简单啊 而且其中的DS是收费软件的说 简直是在打广告啊 2012-04-22 00:09:34
建议你去找一本名字叫《蛋白质结构预测实验指南》化工出版社岳俊杰编的书,上面有比较简单的操作方法,此外你再去分子模拟论坛上找一些相关实验资料基本就能上手了。
6楼2012-03-01 07:36:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +8 只叙离别辞 2026-04-09 10/500 2026-04-09 20:25 by zl8213662
[考研] 070300化学 求调剂 +13 73372112 2026-04-08 13/650 2026-04-09 20:22 by maddjdld
[考研] 一志愿电子科技大学085600材料与化工 329分求调剂 +14 Naiko 2026-04-04 14/700 2026-04-09 16:56 by luoyongfeng
[考研] 考研二轮调剂 +5 故人?? 2026-04-09 5/250 2026-04-09 16:44 by 271179835
[考研] 265求调剂 +4 风说她早忘了 2026-04-07 4/200 2026-04-09 13:59 by only周
[考研] 求助071001调剂!!! +7 黄守松 2026-04-05 8/400 2026-04-09 09:07 by 徐良白眉大侠
[考研] 281求调剂 +10 椰子蘑菇 2026-04-06 10/500 2026-04-08 11:43 by zzucheup
[考研] 265求调剂 +19 小木虫085600 2026-04-06 21/1050 2026-04-08 10:38 by 逆水乘风
[考研] 334分机械专硕求调剂 +3 蛋花紫菜汤 2026-04-03 3/150 2026-04-07 14:49 by 逍遥cocoa
[考研] 372分材料与化工(085600)英二数二求调剂 +4 蓝笺片 2026-04-06 4/200 2026-04-07 12:30 by dongzh2009
[考研] 考研调剂 +7 15615482637 2026-04-04 7/350 2026-04-06 22:56 by chenzhimin
[考研] 机械专硕274求调剂,不挑专业学校 +6 泛泛2333 2026-04-05 8/400 2026-04-06 18:06 by 泛泛2333
[考研] 求调剂到材料 +5 程9915 2026-04-06 5/250 2026-04-06 15:21 by yulian1987
[考研] 一志愿哈尔滨工业大学085600英一数二337分求调剂 +12 lyz0427 2026-04-03 12/600 2026-04-06 06:37 by houyaoxu
[考研] 生物与医药086000调剂一志愿西北农林320分 +3 美美女士 2026-04-03 3/150 2026-04-05 21:55 by 学员8dgXkO
[考研] 295求调剂 +4 A你好研究生 2026-04-04 5/250 2026-04-04 22:46 by yu221
[考研] 本9一志愿2 0854低分专硕286求调剂 +9 芒种111 2026-04-04 9/450 2026-04-04 11:01 by tangruihua
[考研] 求生物学专业调剂-332分 +5 云朵遛弯指南 2026-04-04 5/250 2026-04-04 10:05 by rzh123456
[考研] 289-求调剂 +4 这里是_ 2026-04-03 4/200 2026-04-03 14:23 by 1753564080
[考研] 0705理学294求调剂 +3 成果成果cg5 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:04 by simons1972
信息提示
请填处理意见