| 查看: 1999 | 回复: 10 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
[重金求助] 细菌鉴定的若干入门级问题请教(16S rDNA)
|
||
|
从前一直搞环境工程，后来筛选到了甲烷氧化菌一株，但经过了一系列的鉴定工作，发现了很多问题，大致过程如下： （1）最开始是把多次传代（甲烷为唯一碳源）的固体平板寄给了大连宝生物公司，通过PCR 扩增产物直接测序未发现套峰，但测序结果经NCBI比对并不属于甲烷氧化菌，而是另一种属（暂时命名为菌X）； （2）本以为菌X是一种新的可氧化甲烷的细菌，但相关领域专家都认为菌株不纯，所以自己也开始怀疑是否体系有杂菌。 （3）最近在国外访学，开始尝试自己提取16S，选用了广普微生物扩增引物（F27和R14），首先用一种高保真的酶没有扩增出来，之后换了另一种（易扩增但个别碱基可能突变）成功，扩增后测序。无奈的是美国这边服务很有限，只告知了2个测序反应的结果，并未给出最终的16S rDNA序列。 请各位熟悉相关实验的虫友协助分析并解答一下问题： （1）是否存在这种可能：虽然平板上菌株主要为甲烷氧化菌，但广普引物无法扩增出甲烷氧化菌，却扩增出来了与之共存的另一种杂菌。 也就是说，采用以上引物，对2个或者以上的细菌混合物进行PCR，可能只扩增出一种。 （2）如何根据测序反应的结果，将两个反应结果合并为一个完整的16S rDNA序列。 多谢！！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
急需调剂
已经有8人回复
-
申博/考博
已经有4人回复
-
化工学硕294分，求导师收留
已经有37人回复
-
求调剂
已经有11人回复
-
260求调剂
已经有4人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有19人回复
-
304求调剂
已经有7人回复
-
求博导｜生物质基多孔碳/超级电容方向，已有相关成果，寻能源材料/碳材料方向老师
已经有3人回复
-
二苯甲酮酸类衍生物
已经有6人回复
-
接受任何调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何鉴定细菌的种和属？
已经有8人回复
- 细菌 菌种鉴定 需要做什么？迷茫中。。。
已经有7人回复
- 细菌属种鉴定问题
已经有21人回复
- Blast鉴定细菌16SrRNA 结果选择问题
已经有5人回复
- 真菌ITS鉴定问题若干
已经有8人回复
- 发SCI，细菌需要鉴定到哪一步
已经有16人回复
- 菌种鉴定的问题
已经有10人回复
- 细菌活性鉴定 核酸染料 vs 涂平板
已经有16人回复
- 求真菌鉴定，顺便请教下真菌形态学鉴定的资料或方法，麻烦各位老师了！！！
已经有4人回复
- 求助关于土壤细菌分离鉴定的知识，希望朋友帮忙解答
已经有8人回复
- 鉴定细菌种（不是属）的生物学方法有哪些
已经有27人回复
- 如何通过分子生物学鉴定细菌生长
已经有10人回复
- 菌种鉴定的费用悬殊？鉴定内容却…？请教各位前辈啊。
已经有26人回复
- API技术鉴定细菌到种
已经有9人回复
- 细菌鉴定ppt（以搜无重复）
已经有285人回复
- 【求助/交流】哪里可以做细菌菌种鉴定？
已经有16人回复
- 【求助/交流】细菌鉴定
已经有14人回复
- 【求助/交流】16s进化树+细菌鉴定 达人 请进~~~
已经有5人回复
girlfisher
金虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 1292.1
- 红花: 2
- 帖子: 105
- 在线: 55.9小时
- 虫号: 1049679
- 注册: 2010-06-30
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
10楼2012-01-20 10:10:34
catty2000
木虫 (小有名气)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 2865.4
- 红花: 1
- 帖子: 119
- 在线: 66.6小时
- 虫号: 375224
- 注册: 2007-05-18
- 性别: GG
- 专业: 生物海洋学与海洋生物资源
2楼2012-01-17 11:07:36
privateer2015
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 503
- 红花: 1
- 帖子: 159
- 在线: 47.2小时
- 虫号: 713584
- 注册: 2009-03-03
- 性别: GG
- 专业: 微生物生态学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-17 18:56:31
zhaott(金币+49): ★有帮助 谢谢 2012-01-19 10:40:28
zhang8826857(金币-49): lz给了一个金币，给我说好像是加错了，呵呵，不好意思啊 2012-01-20 19:05:32
zhang8826857(金币+5): 唉，我真二，呵呵，给你扣光了，当补偿下吧 2012-01-20 19:06:44
感谢参与，应助指数 +1
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-17 18:56:31
zhaott(金币+49): ★有帮助 谢谢 2012-01-19 10:40:28
zhang8826857(金币-49): lz给了一个金币，给我说好像是加错了，呵呵，不好意思啊 2012-01-20 19:05:32
zhang8826857(金币+5): 唉，我真二，呵呵，给你扣光了，当补偿下吧 2012-01-20 19:06:44
| 可直接用DNAMAN等软件将2个反应的结果比对一下，按重复部分的进行拼接就可以得到完整的一条序列了 |
3楼2012-01-17 11:10:38
4楼2012-01-17 13:06:52
50