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[重金求助] 细菌鉴定的若干入门级问题请教(16S rDNA)
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从前一直搞环境工程，后来筛选到了甲烷氧化菌一株，但经过了一系列的鉴定工作，发现了很多问题，大致过程如下： （1）最开始是把多次传代（甲烷为唯一碳源）的固体平板寄给了大连宝生物公司，通过PCR 扩增产物直接测序未发现套峰，但测序结果经NCBI比对并不属于甲烷氧化菌，而是另一种属（暂时命名为菌X）； （2）本以为菌X是一种新的可氧化甲烷的细菌，但相关领域专家都认为菌株不纯，所以自己也开始怀疑是否体系有杂菌。 （3）最近在国外访学，开始尝试自己提取16S，选用了广普微生物扩增引物（F27和R14），首先用一种高保真的酶没有扩增出来，之后换了另一种（易扩增但个别碱基可能突变）成功，扩增后测序。无奈的是美国这边服务很有限，只告知了2个测序反应的结果，并未给出最终的16S rDNA序列。 请各位熟悉相关实验的虫友协助分析并解答一下问题： （1）是否存在这种可能：虽然平板上菌株主要为甲烷氧化菌，但广普引物无法扩增出甲烷氧化菌，却扩增出来了与之共存的另一种杂菌。 也就是说，采用以上引物，对2个或者以上的细菌混合物进行PCR，可能只扩增出一种。 （2）如何根据测序反应的结果，将两个反应结果合并为一个完整的16S rDNA序列。 多谢！！！ |
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4楼2012-01-17 13:06:52
catty2000
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rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-17 18:56:31
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zhang8826857(金币-49): lz给了一个金币，给我说好像是加错了，呵呵，不好意思啊 2012-01-20 19:05:32
zhang8826857(金币+5): 唉，我真二，呵呵，给你扣光了，当补偿下吧 2012-01-20 19:06:44
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zhang8826857(金币+5): 唉，我真二，呵呵，给你扣光了，当补偿下吧 2012-01-20 19:06:44
| 可直接用DNAMAN等软件将2个反应的结果比对一下，按重复部分的进行拼接就可以得到完整的一条序列了 |
3楼2012-01-17 11:10:38
longage.gene
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5楼2012-01-17 16:42:48