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baby1_9253344

金虫 (小有名气)

[求助] 帮忙评价一下PCR引物

模板基因210bp,想要通过菌落pcr把模板基因P出来,设计的上下游引物自己加了酶切位点和保护碱基,初次设计引物,自己摸索着用oligo 评价了一下,但是出来的指标不知道是好是坏,贴出来请大家帮忙评价一下。
上游引物(33bp):5‘-GGGAATTC+NedI酶切位点+......
下游引物(27bp): 5’-GCC+HindIIII酶切位点+......

上下游引物不一样长,可以吗?如果要补成一样长,是增加保护碱基这边,还是从3端延长?谢谢各位啦~



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baby1_9253344

金虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by sususimple at 2011-12-29 08:50:19:
引物没必要一样长。
如果想调整成一样的,那么就可以考虑增加保护碱基的数量或者在3‘增加碱基。
你可以百度一下,有不同的酶对应不同保护碱基的表格,你可以根据推荐来选择保护碱基。

恩,保护碱基这个我就是按照那个表格选择的,因为NdeI非常不好切,所以我连了8个保护碱基,而HindIII保护碱基就3个,所以引物不一样长了。那除了这个毛病,其他的问题影响PCR扩增吗?
8楼2011-12-29 09:25:59
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sean-u

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
baby1_9253344(金币+1): 有帮助 谢谢~ 2011-12-27 19:32:59
西瓜(金币+1): 同感…… 2011-12-28 13:12:26
我觉得TM值太高吧
人生就是不停的战斗!
2楼2011-12-27 19:13:41
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baby1_9253344

金虫 (小有名气)

3楼2011-12-28 10:03:10
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baby1_9253344

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by baby1_9253344 at 2011-12-28 10:03:10:

4楼2011-12-28 20:30:21
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