应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 在gromacs中运行mdrun命令时出错
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
111/2返回列表12下一页
查看: 4690  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xinji

铜虫 (小有名气)

[求助] 在gromacs中运行mdrun命令时出错

在gromacs中，运行mdrun时，出现以下错误提示：
50000 steps,     50.0 ps.
step 0
t = 0.001 ps: Water molecule starting at atom 22288 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep.
Back Off! I just backed up step1b.pdb to ./#step1b.pdb.3#
Back Off! I just backed up step1c.pdb to ./#step1c.pdb.3#
Wrote pdb files with previous and current coordinates
t = 0.002 ps: Water molecule starting at atom 22288 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep.
Back Off! I just backed up step2b.pdb to ./#step2b.pdb.1#
Back Off! I just backed up step2c.pdb to ./#step2c.pdb.1#
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Warning: 1-4 interaction between 8908 and 8916 at distance 1100.091 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm
These are ignored for the rest of the simulation
This usually means your system is exploding,
if not, you should increase table-extension in your mdp file
or with user tables increase the table size
Segmentation fault
请问各位，是什么原因呢？？？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
心若在，梦就在！
1楼 2011-12-20 22:59:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

0419xuhao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-21 18:48:15
结构建的不合理，或者能量最小化没有正常结束，你试试看
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-12-21 11:14:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

草莓米粑

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-22 15:04:57
我也遇到过同样的问题，可能是模型当中有分子之间距离过近或者产生重叠，运行时，粒子一下子被弹开了，就导致体系崩溃了。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-12-22 09:21:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-12-22 21:29:08
xinji(金币+8): ★★★很有帮助 2011-12-22 22:38:52
Segmentation fault的常见原因是体系构建不合理，建议先多跑跑energy minimization

如果使用steep 方法进行能量最小化之后，还是出现这样的问题，
需要接着使用CG方法继续能量最小化

然后再进行后续的平衡态模拟

还有一种解决办法是，在此步使用grompp 的时候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，这样就可使能量有连续性。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-12-22 15:06:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinji

铜虫 (小有名气)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 鼓励交流 2012-01-04 19:20:59
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-12-22 15:06:11:
Segmentation fault的常见原因是体系构建不合理，建议先多跑跑energy minimization

如果使用steep 方法进行能量最小化之后，还是出现这样的问题，
需要接着使用CG方法继续能量最小化

然后再进行后续的平衡 ...

是体系的离子数太多了吗？我模拟时是使用默认的，要不要自己限定粒子数目呢？
赞一下(1人) 回复此楼
心若在，梦就在！
5楼2011-12-22 22:41:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duotojh

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 鼓励交流 2012-01-04 19:21:05
不会是没做好最小化就跑的模拟吧？
MD的基础就是牛顿运动方程（有些算法，如多时间步算法，依据的是等价的正则方程），
做MD之前一个必需的步骤就是通过最小化，使得分子结构近似处于力学平衡，这样粒子间相互作用最小，
求解运动方程才必定会收敛。
否则，粒子间相互作用很强的话，粒子加速度过大，分子极有可能会“炸”开，MD求解过程发散，
使得永远不能收敛到稳定解。也就是说，分子结构足够“平衡”是MD方程有解的充分条件，这正是最小化的目的。
所以，建议做能量最小化要仔细选好最小化参数。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2012-01-03 16:31:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinji

铜虫 (小有名气)
感谢各位，
回复此楼
心若在，梦就在！
7楼2012-01-03 16:36:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinji

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by duotojh at 2012-01-03 16:31:51:
不会是没做好最小化就跑的模拟吧？
MD的基础就是牛顿运动方程（有些算法，如多时间步算法，依据的是等价的正则方程），
做MD之前一个必需的步骤就是通过最小化，使得分子结构近似处于力学平衡，这样粒子间相互作 ...

遇到这种问题是要重新进行能量最小化吗 ？我之前已经做了能量最小化，该怎么解决 ？？？？
赞一下 回复此楼
心若在，梦就在！
8楼2012-01-03 16:49:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duotojh

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 鼓励交流 2012-01-04 19:21:12
引用回帖:
8楼: Originally posted by xinji at 2012-01-03 16:49:16:
遇到这种问题是要重新进行能量最小化吗 ？我之前已经做了能量最小化，该怎么解决 ？？？？

可以在mdp文件中重新设置最小化参数（好像有个优化的终止条件吧），再进行优化，参数既不能太大也不能太小，
需要自己试验出来，由于已经几年没用gromacs了，具体怎么做的现在全忘光了
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2012-01-03 17:23:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青青白白123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 草莓米粑 at 2011-12-22 09:21:21
我也遇到过同样的问题，可能是模型当中有分子之间距离过近或者产生重叠，运行时，粒子一下子被弹开了，就导致体系崩溃了。

请问怎么解决呢？
赞一下 回复此楼
10楼2018-03-22 09:10:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xinji 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料334求调剂 +18 Eecho# 2026-04-03 18/900 2026-04-06 00:56 by fmesaito
[有机交流] 3-溴吡啶-4-甲醛合成 10+3 雪糕也能爆炸 2026-03-31 9/450 2026-04-06 00:24 by nBu锂
[考研] 材料求调剂 +11 一样YWY 2026-04-05 11/550 2026-04-05 23:36 by 来看流星雨10
[考研] 301求调剂 +3 细胞相关蛋白 2026-04-03 3/150 2026-04-05 21:07 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +10 Hll胡 2026-04-04 10/500 2026-04-05 20:09 by nepu_uu
[考研] 315求调剂 +5 ＆123456789 2026-04-05 5/250 2026-04-05 19:55 by nepu_uu
[考研] 一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕 +10 @taotao 2026-03-30 10/500 2026-04-05 17:57 by jj987
[考研] 363求调剂 +7 zh096 2026-04-04 7/350 2026-04-04 17:13 by dongzh2009
[考研] 复试调剂 +6 范根培 2026-04-04 6/300 2026-04-04 14:27 by 土木硕士招生
[考研] 求生物学专业调剂-332分 +5 云朵遛弯指南 2026-04-04 5/250 2026-04-04 10:05 by rzh123456
[考研] 化工求调剂 +11 荔香芝士椰奶 2026-04-03 11/550 2026-04-03 22:06 by 啵啵啵0119
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +7 相信必会光芒万� 2026-04-02 7/350 2026-04-03 16:48 by rzh123456
[考研] 工科341分调剂 +3 洛多罗 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:20 by 1753564080
[考研] 0705理学294求调剂 +3 成果成果cg5 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:04 by simons1972
[考研] 08工科，295，接受跨专业调剂 +8 lmnlzy 2026-03-30 8/400 2026-04-03 13:08 by nalakaiqi
[考研] 一志愿深大085601材料工程专业（专硕）300分可以调剂去哪 +8 10160315 2026-04-02 8/400 2026-04-03 09:36 by hypershenger
[考研] 295求调剂 +7 愿旅途永远坦然 2026-04-02 7/350 2026-04-03 08:22 by fangshan711
[论文投稿] chinese chemical letters英文版投稿求助 120+4 Yishengeryi 2026-03-30 6/300 2026-04-02 17:19 by Yishengeryi
[考研] 初试301，代码085701环境工程，本硕一致，四六级已过，有二区一作，共发表5篇论文 +6 axibli 2026-04-01 6/300 2026-04-02 13:42 by Ecowxq666！
[考研] 307分求调剂 +14 (o~o) 2026-03-31 15/750 2026-04-01 20:43 by longlotian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭