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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 在gromacs中运行mdrun命令时出错
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xinji

铜虫 (小有名气)

[求助] 在gromacs中运行mdrun命令时出错

在gromacs中，运行mdrun时，出现以下错误提示：
50000 steps,     50.0 ps.
step 0
t = 0.001 ps: Water molecule starting at atom 22288 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep.
Back Off! I just backed up step1b.pdb to ./#step1b.pdb.3#
Back Off! I just backed up step1c.pdb to ./#step1c.pdb.3#
Wrote pdb files with previous and current coordinates
t = 0.002 ps: Water molecule starting at atom 22288 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep.
Back Off! I just backed up step2b.pdb to ./#step2b.pdb.1#
Back Off! I just backed up step2c.pdb to ./#step2c.pdb.1#
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Warning: 1-4 interaction between 8908 and 8916 at distance 1100.091 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm
These are ignored for the rest of the simulation
This usually means your system is exploding,
if not, you should increase table-extension in your mdp file
or with user tables increase the table size
Segmentation fault
请问各位，是什么原因呢？？？
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心若在，梦就在！
1楼 2011-12-20 22:59:18
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0419xuhao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-21 18:48:15
结构建的不合理，或者能量最小化没有正常结束，你试试看
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2楼2011-12-21 11:14:02
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草莓米粑

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-22 15:04:57
我也遇到过同样的问题，可能是模型当中有分子之间距离过近或者产生重叠，运行时，粒子一下子被弹开了，就导致体系崩溃了。
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3楼2011-12-22 09:21:21
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-12-22 21:29:08
xinji(金币+8): ★★★很有帮助 2011-12-22 22:38:52
Segmentation fault的常见原因是体系构建不合理，建议先多跑跑energy minimization

如果使用steep 方法进行能量最小化之后，还是出现这样的问题，
需要接着使用CG方法继续能量最小化

然后再进行后续的平衡态模拟

还有一种解决办法是，在此步使用grompp 的时候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，这样就可使能量有连续性。
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4楼2011-12-22 15:06:11
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xinji

铜虫 (小有名气)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 鼓励交流 2012-01-04 19:20:59
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-12-22 15:06:11:
Segmentation fault的常见原因是体系构建不合理，建议先多跑跑energy minimization

如果使用steep 方法进行能量最小化之后，还是出现这样的问题，
需要接着使用CG方法继续能量最小化

然后再进行后续的平衡 ...

是体系的离子数太多了吗？我模拟时是使用默认的，要不要自己限定粒子数目呢？
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心若在，梦就在！
5楼2011-12-22 22:41:23
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duotojh

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 鼓励交流 2012-01-04 19:21:05
不会是没做好最小化就跑的模拟吧？
MD的基础就是牛顿运动方程（有些算法，如多时间步算法，依据的是等价的正则方程），
做MD之前一个必需的步骤就是通过最小化，使得分子结构近似处于力学平衡，这样粒子间相互作用最小，
求解运动方程才必定会收敛。
否则，粒子间相互作用很强的话，粒子加速度过大，分子极有可能会“炸”开，MD求解过程发散，
使得永远不能收敛到稳定解。也就是说，分子结构足够“平衡”是MD方程有解的充分条件，这正是最小化的目的。
所以，建议做能量最小化要仔细选好最小化参数。
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6楼2012-01-03 16:31:51
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xinji

铜虫 (小有名气)
感谢各位，
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心若在，梦就在！
7楼2012-01-03 16:36:58
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xinji

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by duotojh at 2012-01-03 16:31:51:
不会是没做好最小化就跑的模拟吧？
MD的基础就是牛顿运动方程（有些算法，如多时间步算法，依据的是等价的正则方程），
做MD之前一个必需的步骤就是通过最小化，使得分子结构近似处于力学平衡，这样粒子间相互作 ...

遇到这种问题是要重新进行能量最小化吗 ？我之前已经做了能量最小化，该怎么解决 ？？？？
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心若在，梦就在！
8楼2012-01-03 16:49:16
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duotojh

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 鼓励交流 2012-01-04 19:21:12
引用回帖:
8楼: Originally posted by xinji at 2012-01-03 16:49:16:
遇到这种问题是要重新进行能量最小化吗 ？我之前已经做了能量最小化，该怎么解决 ？？？？

可以在mdp文件中重新设置最小化参数（好像有个优化的终止条件吧），再进行优化，参数既不能太大也不能太小，
需要自己试验出来，由于已经几年没用gromacs了，具体怎么做的现在全忘光了
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9楼2012-01-03 17:23:44
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青青白白123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 草莓米粑 at 2011-12-22 09:21:21
我也遇到过同样的问题，可能是模型当中有分子之间距离过近或者产生重叠，运行时，粒子一下子被弹开了，就导致体系崩溃了。

请问怎么解决呢？
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10楼2018-03-22 09:10:39
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