版块导航: 正在加载中...

客户端APP下载

调剂小程序

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (3485)
>考研 (555)
>导师招生 (478)
>虫友互识 (436)
>文献求助 (132)
>硕博家园 (105)
>休闲灌水 (62)
>论文投稿 (60)
>考博 (36)
>博后之家 (29)
>招聘信息布告栏 (26)
>基金申请 (21)
>教师之家 (15)
>数学 (13)
>公派出国 (13)
>找工作 (12)

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

模拟EPI: 1
应助: 22 (小学生)
金币: 2620.4
散金: 1153
红花: 26
帖子: 2473
在线: 847.6小时
虫号: 329690
注册: 2007-03-23
性别: GG
专业: 药物化学

[求助] 做完ligand和蛋白的对接后如何跑一个动力学模拟，看看ligand和周围残基的小幅度变化？

RT，做完对接之后，想看看分子在对接口袋里的有限运动，以及周围残基的变化，用什么软件可以做到呢？请明示！多谢！

» 猜你喜欢

一志愿211 0703化学 346分求调剂已经有26人回复
生物学调剂已经有13人回复
293求调剂已经有15人回复
335求调剂已经有17人回复
人工智能320调剂08工类还有机会吗已经有14人回复
271求调剂已经有27人回复
考研求调剂已经有7人回复
085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂已经有3人回复
071000生物学，一志愿深圳大学296分，求调剂已经有15人回复
302求调剂已经有7人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

CP2K 跑 MD 为什么分子跑到了周期性格子外面已经有5人回复
DS中LigandFit的结果总是0pose，求帮助已经有7人回复
请问周期性边界条件什么意思？已经有6人回复
文献中X-type ligand和L-type ligand是什么样的配体？已经有7人回复
【求助】请教使用Ambertools处理ligand的问题已经有6人回复
求助翻译“ligand-to-metal electron donation”！已经有3人回复
【求助】请问纳米材料控制合成中capping ligand 该如何翻译？已经有4人回复
【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件已经有8人回复
【求助】MS中建立amorphous cell时如何修改其周期边界条件已经有13人回复
【求助】周期边界条件设定已经有10人回复
【讨论】区分维里应力和柯西应力（周敏等）在文献中已经有5人回复
【求助】如何利用DS获得已知配基ligand的SD files文件？已经有8人回复

书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。

1楼 2011-12-08 19:55:30

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

小李飞到

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 808.4
散金: 26
红花: 2
帖子: 201
在线: 121.1小时
虫号: 745386
注册: 2009-04-10
专业: 生物大分子结构与功能

感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng(应助指数-1): 顶贴不应助请选择“不应助” 2012-01-21 21:32:20

新手帮顶！小白一个~

这方面用autodock可以么？

赞一下(1人)

4楼2012-01-19 21:57:49

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 7 个回答

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

模拟EPI: 1
应助: 22 (小学生)
金币: 2620.4
散金: 1153
红花: 26
帖子: 2473
在线: 847.6小时
虫号: 329690
注册: 2007-03-23
性别: GG
专业: 药物化学

自己顶一下！

书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。

2楼2011-12-10 14:16:13

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

模拟EPI: 1
应助: 22 (小学生)
金币: 2620.4
散金: 1153
红花: 26
帖子: 2473
在线: 847.6小时
虫号: 329690
注册: 2007-03-23
性别: GG
专业: 药物化学

自己顶一下顶出去。

书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。

3楼2012-01-19 19:30:01

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

模拟EPI: 1
应助: 22 (小学生)
金币: 2620.4
散金: 1153
红花: 26
帖子: 2473
在线: 847.6小时
虫号: 329690
注册: 2007-03-23
性别: GG
专业: 药物化学

引用回帖:

4楼: Originally posted by 小李飞到 at 2012-01-19 21:57:49:
新手帮顶！小白一个~

这方面用autodock可以么？

哥，你可真是小白啊。。autodock是用来做对接的，不是用来做动力学模拟的。。。

书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。

5楼2012-01-19 22:06:21

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 7 个回答

最具人气热帖推荐 [查看全部]		作者	回/看	最后发表

	[考研] 271求调剂 +24	2261744733 2026-04-11	27/1350	2026-04-13 11:17 by 紫曦紫棋
	[考研] 化工学硕294分，求导师收留 +18	yzyzx 2026-04-12	18/900	2026-04-13 10:20 by sophia_93
	[考研] 266调剂 +10	daya sun 2026-04-07	11/550	2026-04-13 10:12 by fenglj492
	[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +5	慕绝cc 2026-04-09	5/250	2026-04-13 09:15 by boborun
	[考研] 材料复试求调剂 +21	xhhdjdjsjks 2026-04-09	21/1050	2026-04-13 08:43 by lhj2009
	[考研] 368化学求调剂 +14	wwwwabcde 2026-04-07	15/750	2026-04-13 08:36 by lhj2009
	[考研] 268分085602化学工程调剂 +31	月照花林。 2026-04-09	31/1550	2026-04-12 23:37 by 学zh
	[考研] 346分，工科0854求调剂，专硕 +6	moser233 2026-04-12	7/350	2026-04-12 22:11 by fqwang
	[考研] 求调剂 +6	小聂爱学习 2026-04-11	9/450	2026-04-11 21:20 by 蓝云思雨
	[考研] 288求调剂 +15	代fish 2026-04-09	16/800	2026-04-11 10:26 by wwj2530616
	[考研] 337求调剂 +4	研s. 2026-04-10	4/200	2026-04-11 08:57 by zhq0425
	[考研] 本科西工大 324求调剂 +4	wysyjs25 2026-04-10	4/200	2026-04-10 20:00 by 来看流星雨10
	[考研] 071000生物学调剂求助 +17	zzzzwww 2026-04-09	20/1000	2026-04-10 15:55 by 求调剂zz
	[考研] 青岛科技大学材料学院，环境学院调剂补录4月10日以前都可以 +3	1青科大。 2026-04-09	5/250	2026-04-10 09:58 by 翩翩一书生
	[考研] 297求调剂 +27	GENJIOW 2026-04-07	30/1500	2026-04-09 23:20 by wolf97
	[考研] 085801 总分275 本科新能源求调剂 +8	bradoner 2026-04-08	9/450	2026-04-09 13:43 by only周
	[考研] 353求调剂 +8	晴空万里air 2026-04-07	8/400	2026-04-09 00:18 by GouQ
	[考研] 265求调剂 +19	小木虫085600 2026-04-06	21/1050	2026-04-08 10:38 by 逆水乘风
	[考研] 材料工程专业日语生求调剂 +9	111623 2026-04-07	9/450	2026-04-07 23:31 by 一只好果子?
	[考研] 344求调剂 +11	魏子per 2026-04-07	11/550	2026-04-07 23:01 by JourneyLucky