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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 做完ligand和蛋白的对接后如何跑一个动力学模拟，看看ligand和周围残基的小幅度变化？
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] 做完ligand和蛋白的对接后如何跑一个动力学模拟，看看ligand和周围残基的小幅度变化？

RT，做完对接之后，想看看分子在对接口袋里的有限运动，以及周围残基的变化，用什么软件可以做到呢？请明示！多谢！
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
1楼2011-12-08 19:55:30
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
自己顶一下！
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
2楼2011-12-10 14:16:13
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
自己顶一下顶出去。
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
3楼2012-01-19 19:30:01
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小李飞到

金虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng(应助指数-1): 顶贴不应助请选择“不应助” 2012-01-21 21:32:20
新手帮顶！小白一个~这方面用autodock可以么？
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4楼2012-01-19 21:57:49
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小李飞到 at 2012-01-19 21:57:49:
新手帮顶！小白一个~这方面用autodock可以么？

哥，你可真是小白啊。。autodock是用来做对接的，不是用来做动力学模拟的。。。
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
5楼2012-01-19 22:06:21
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小李飞到

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by pkuchemistry at 2012-01-19 22:06:21:
哥，你可真是小白啊。。autodock是用来做对接的，不是用来做动力学模拟的。。。

客气客气，乱说的，哈哈！
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6楼2012-01-19 22:56:53
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蒙延娟

金虫 (初入文坛)
可以用gromacs
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let life be beautiful like summer flower !
7楼2012-02-26 14:24:33
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