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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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kevinding

至尊木虫 (小有名气)


[交流] 【求助】请教使用Ambertools处理ligand的问题

各位高手,我在使用Chimera调用AmberTools里面的antechamber处理ligand 加力场的时候 报错了 不知道什么原因 在处理小分子的时候有什么需要注意的么?对小分子无助又什么要求吗?
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)


★ ★
kevinding(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-07 12:41:04
引用回帖:
Originally posted by kevinding at 2011-04-03 23:05:12:
各位高手,我在使用Chimera调用AmberTools里面的antechamber处理ligand 加力场的时候 报错了 不知道什么原因 在处理小分子的时候有什么需要注意的么?对小分子无助又什么要求吗?

建议安装ambertool用命令行
2楼2011-04-05 00:23:01
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)



ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-07 12:41:16
引用回帖:
Originally posted by kevinding at 2011-04-03 23:05:12:
各位高手,我在使用Chimera调用AmberTools里面的antechamber处理ligand 加力场的时候 报错了 不知道什么原因 在处理小分子的时候有什么需要注意的么?对小分子无助又什么要求吗?

补充一下,有时候pdb格式没有mol2格式管用
3楼2011-04-05 00:23:59
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kevinding

至尊木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-04-05 00:23:59:
补充一下,有时候pdb格式没有mol2格式管用

谢谢
你好 我是用命令行装的 我按照那个教程来处理例子上的配基可以的 但是处理我自己的配基就不行了 不知道什么原因
4楼2011-04-05 13:40:50
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fjeld

铁虫 (小有名气)



kevinding(金币+2):谢谢参与
请问antechamber的错误信息是什么?
5楼2011-05-25 00:27:53
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hee_csu

新虫 (著名写手)



kevinding(金币+2): 谢谢参与
引用回帖:
318328楼: Originally posted by kevinding at 2011-04-05 13:40:50
谢谢
你好 我是用命令行装的 我按照那个教程来处理例子上的配基可以的 但是处理我自己的配基就不行了 不知道什么原因...

楼主,你好,你的问题解决了没?
能告诉我你说的教程在哪里下的,可以发给我吗?
6楼2012-08-16 11:55:09
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简单回复
hoborchem7楼
2012-08-16 17:10   回复  
kevinding(金币+2): 谢谢参与
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