应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请教使用Ambertools处理ligand的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
71/1返回列表
查看: 844  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

kevinding

至尊木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教使用Ambertools处理ligand的问题

各位高手，我在使用Chimera调用AmberTools里面的antechamber处理ligand 加力场的时候 报错了 不知道什么原因 在处理小分子的时候有什么需要注意的么？对小分子无助又什么要求吗？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-03 23:05:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★
kevinding(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-07 12:41:04
引用回帖:
Originally posted by kevinding at 2011-04-03 23:05:12:
各位高手，我在使用Chimera调用AmberTools里面的antechamber处理ligand 加力场的时候 报错了 不知道什么原因 在处理小分子的时候有什么需要注意的么？对小分子无助又什么要求吗？

建议安装ambertool用命令行
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-04-05 00:23:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-07 12:41:16
引用回帖:
Originally posted by kevinding at 2011-04-03 23:05:12:
各位高手，我在使用Chimera调用AmberTools里面的antechamber处理ligand 加力场的时候 报错了 不知道什么原因 在处理小分子的时候有什么需要注意的么？对小分子无助又什么要求吗？

补充一下，有时候pdb格式没有mol2格式管用
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-04-05 00:23:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kevinding

至尊木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-04-05 00:23:59:
补充一下，有时候pdb格式没有mol2格式管用

谢谢
你好 我是用命令行装的 我按照那个教程来处理例子上的配基可以的 但是处理我自己的配基就不行了 不知道什么原因
赞一下 回复此楼
4楼2011-04-05 13:40:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fjeld

铁虫 (小有名气)
★
kevinding(金币+2):谢谢参与
请问antechamber的错误信息是什么？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-05-25 00:27:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hee_csu

新虫 (著名写手)
★
kevinding(金币+2): 谢谢参与
引用回帖:
318328楼: Originally posted by kevinding at 2011-04-05 13:40:50
谢谢
你好 我是用命令行装的 我按照那个教程来处理例子上的配基可以的 但是处理我自己的配基就不行了 不知道什么原因...

楼主，你好，你的问题解决了没？
能告诉我你说的教程在哪里下的，可以发给我吗？
赞一下 回复此楼
6楼2012-08-16 11:55:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
hoborchem7楼
2012-08-16 17:10   回复  
kevinding(金币+2): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 kevinding 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研调剂 +5 美丽的youth_ 2026-04-04 6/300 2026-04-06 06:57 by houyaoxu
[考研] 一志愿郑州大学085600求调剂 +17 吃的不少 2026-04-05 20/1000 2026-04-06 00:32 by T可可西里T
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +10 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-04 10/500 2026-04-05 18:51 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿同济大学323分（080500）求调剂 +8 yikeniu 2026-04-01 8/400 2026-04-05 18:15 by cql1109
[考研] 求调剂到0856材料工程 +3 程9915 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:15 by 蓝云思雨
[考研] 275求调剂 +16 waltzh 2026-04-01 16/800 2026-04-05 17:14 by Hdyxbekcb
[考研] 生物工程求调剂 +6 喜欢还是不甘心 2026-04-05 6/300 2026-04-05 10:28 by 唐沐儿
[考研] 271分求调剂学校 +12 zph158488！ 2026-04-02 13/650 2026-04-05 10:13 by lqwchd
[考研] 一志愿华中农业大学0710（A）初试329分 求调剂 +4 一名26考研生 2026-04-04 4/200 2026-04-05 10:01 by barlinike
[考研] 301求调剂 +12 121. 2026-04-04 12/600 2026-04-05 09:00 by 来看流星雨10
[考研] 315求调剂 +13 小羊小羊_ 2026-04-02 14/700 2026-04-04 20:30 by 蓝云思雨
[考研] 085602 找调剂 +4 逆时针快乐 2026-04-02 4/200 2026-04-04 19:32 by 蓝云思雨
[考研] 357求调剂 +13 1050389037 2026-04-03 13/650 2026-04-03 22:27 by 无际的草原
[考研] 372分材料与化工（085600）一志愿湖南大学求调剂 +3 蓝笺片 2026-04-03 4/200 2026-04-03 17:58 by Jimmyandyou
[考研] 285求调剂 +7 AZMK 2026-04-02 9/450 2026-04-03 11:12 by wanwan00
[基金申请] 请问共同通讯和共同一作的认可度问题 10+4 psa1234 2026-04-01 10/500 2026-04-03 11:08 by Kittylucky
[考研] 311求调剂 +14 蓝月亮亮 2026-03-30 14/700 2026-04-02 12:18 by 1753564080
[考研] 298求B区调剂 +4 zzz，，r 2026-04-02 5/250 2026-04-02 12:17 by 土木硕士招生
[考研] 324求调剂 +5 想上学求调 2026-04-01 6/300 2026-04-02 10:16 by sanrepian
[考研] 340求调剂 +4 希望如此i 2026-03-31 4/200 2026-03-31 16:40 by 690616278
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭