应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请教使用Ambertools处理ligand的问题
71/1返回列表
查看: 1113  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

kevinding

至尊木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教使用Ambertools处理ligand的问题

各位高手，我在使用Chimera调用AmberTools里面的antechamber处理ligand 加力场的时候 报错了 不知道什么原因 在处理小分子的时候有什么需要注意的么？对小分子无助又什么要求吗？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-04-03 23:05:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★
kevinding(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-07 12:41:04
引用回帖:
Originally posted by kevinding at 2011-04-03 23:05:12:
各位高手，我在使用Chimera调用AmberTools里面的antechamber处理ligand 加力场的时候 报错了 不知道什么原因 在处理小分子的时候有什么需要注意的么？对小分子无助又什么要求吗？

建议安装ambertool用命令行
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-04-05 00:23:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-07 12:41:16
引用回帖:
Originally posted by kevinding at 2011-04-03 23:05:12:
各位高手，我在使用Chimera调用AmberTools里面的antechamber处理ligand 加力场的时候 报错了 不知道什么原因 在处理小分子的时候有什么需要注意的么？对小分子无助又什么要求吗？

补充一下，有时候pdb格式没有mol2格式管用
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-04-05 00:23:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kevinding

至尊木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-04-05 00:23:59:
补充一下，有时候pdb格式没有mol2格式管用

谢谢
你好 我是用命令行装的 我按照那个教程来处理例子上的配基可以的 但是处理我自己的配基就不行了 不知道什么原因
赞一下 回复此楼
4楼2011-04-05 13:40:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fjeld

铁虫 (小有名气)
★
kevinding(金币+2):谢谢参与
请问antechamber的错误信息是什么？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-05-25 00:27:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hee_csu

新虫 (著名写手)
★
kevinding(金币+2): 谢谢参与
引用回帖:
318328楼: Originally posted by kevinding at 2011-04-05 13:40:50
谢谢
你好 我是用命令行装的 我按照那个教程来处理例子上的配基可以的 但是处理我自己的配基就不行了 不知道什么原因...

楼主，你好，你的问题解决了没？
能告诉我你说的教程在哪里下的，可以发给我吗？
赞一下 回复此楼
6楼2012-08-16 11:55:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
hoborchem7楼
2012-08-16 17:10   回复  
kevinding(金币+2): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 kevinding 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-13 3/150 2026-11-15 05:00 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-13 3/150 2026-11-15 04:05 by xSrQNSSjcgoX
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 03:10 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 9/450 2026-11-15 02:04 by xSrQNSSjcgoX
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-14 15:58 by KXypaGgBBlw7
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 9/450 2026-11-13 11:02 by Equinoxhua
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 6/300 2026-11-12 12:42 by ECLTXnJnRSXf
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 5/250 2026-11-12 12:28 by ECLTXnJnRSXf
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:31 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:14 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:08 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +8 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:32 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:21 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 07:09 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 8/400 2026-11-12 04:57 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 04:57 by 9fOTqj074tIg
[考博] 申请环境，微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭