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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请教使用Ambertools处理ligand的问题
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kevinding

至尊木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教使用Ambertools处理ligand的问题

各位高手，我在使用Chimera调用AmberTools里面的antechamber处理ligand 加力场的时候 报错了 不知道什么原因 在处理小分子的时候有什么需要注意的么？对小分子无助又什么要求吗？
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1楼 2011-04-03 23:05:12
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kevinding

至尊木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-04-05 00:23:59:
补充一下，有时候pdb格式没有mol2格式管用

谢谢
你好 我是用命令行装的 我按照那个教程来处理例子上的配基可以的 但是处理我自己的配基就不行了 不知道什么原因
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4楼2011-04-05 13:40:50
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★
kevinding(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-07 12:41:04
引用回帖:
Originally posted by kevinding at 2011-04-03 23:05:12:
各位高手，我在使用Chimera调用AmberTools里面的antechamber处理ligand 加力场的时候 报错了 不知道什么原因 在处理小分子的时候有什么需要注意的么？对小分子无助又什么要求吗？

建议安装ambertool用命令行
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-04-05 00:23:01
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-07 12:41:16
引用回帖:
Originally posted by kevinding at 2011-04-03 23:05:12:
各位高手，我在使用Chimera调用AmberTools里面的antechamber处理ligand 加力场的时候 报错了 不知道什么原因 在处理小分子的时候有什么需要注意的么？对小分子无助又什么要求吗？

补充一下，有时候pdb格式没有mol2格式管用
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-04-05 00:23:59
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fjeld

铁虫 (小有名气)
★
kevinding(金币+2):谢谢参与
请问antechamber的错误信息是什么？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-05-25 00:27:53
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