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mqq123456789新虫 (小有名气)
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[求助]
gromacs 跑 tutor，结果好奇怪哦
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用gromacs自带的tutor例程进行模拟，怎么经常有warning？如何对待其给出的note呢？ 另外对水和甲醇进行模拟时结果好奇怪啊，最开始甲醇与水分处盒子的两侧，但模拟万后依然如此，没有混合啊？这是怎么回事呢？ngmx能够观察其动态过程吗？如何将VMD与gromacs结合起来呢？ 万分感谢！！！ |
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【答案】应助回帖
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御剑江湖(金币+6): 谢谢 2011-12-08 20:27:45
御剑江湖(金币+6): 谢谢 2011-12-08 20:27:45
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出现 warning ， note你应该看看具体是什么原因啊？有些是通过一些操作可以去掉的。 如果你觉得这些warning不影响计算，可以忽略 VMD 可以用来读取gromacs计算的轨迹，观察随时间的变化 使用 tk console : 读trr文件 mol load gro yourfilename.gro trr yourfilename.trr 读xtc文件： mol load gro yourfilename.gro xtc yourfilename.xtc |
2楼2011-12-08 19:26:56
