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关于Q-PCR的一些疑问
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最近在做Q-pcr,要扩增一个表达量很底的mRNA 设计了引物上机去做,溶解曲线不单一有两个峰,一个大一点一个小一点,大一点的应该是产物,但两峰高度差距不算太大,距离倒是蛮远的 扩增曲线测定的Ct值在32左右,由于样品的原因,提取的RNA可能不是很纯,RNA浓度也不好提高了 改变过退火温度,变化不大 换过很多引物,由于这个mRNA丰度太低,很多的引物都扩不出来 仪器自动分析的CT值在复孔之间差距0.5以内 想问一下,我这个数据可以用么,如果不行要怎样提高扩增的特异性或者怎样改变一下? |
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terry130
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2楼2011-11-15 08:08:30
3楼2011-11-15 16:35:41
terry130
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4楼2011-11-15 18:47:58
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6楼2011-11-16 08:49:50
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apple6299
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【答案】应助回帖
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silicare(金币+3, BioEPI+1): 2011-11-17 12:27:29
silicare(金币+3, BioEPI+1): 2011-11-17 12:27:29
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做Q-PCR数据好坏与否,首先是引物的设计合不合理,最好是找序列的保守区域进行扩增较好,如果自己设计不好,可以请教别人,如果是TaqMan探针的设计,目前是有公司帮设计的,价格贵蛮多的,看自己实验室的情况了。其次还得保证模板RNA的纯度,花多点时间在这,后面的实验就会比较顺利。实验条件的摸索也比较重要,如果样品多的话,最好做个标准曲线。SYBR Green法的影响因素较多,但是溶解曲线Tm值有两个峰的数据肯定是不可以用的(这和引物的关系比较大,足以说明你的引物肯定不是很好,换引物试试吧),听你描述的情况,离得蛮远,高度差距不算太大,跑跑电泳看下,是不是引物二聚体,或者扩增了什么其他的东西。最后建议,SYBR Green法进行QPCR后,还是要跑下电泳比较好(反正也不花很多的时间,做块胶,上个样,就可以去干自己的事情了)。Ct值在32左右,如果对应的Tm值在80-90摄氏度范围内(miRAN的扩增得看试剂盒的要求,好像是70-80摄氏度),且峰是尖锐单一的,这个值还是可以用的。好的数据是确保Ct值在25-30,这也就是为啥要做标准曲线的原因。 我做了两年多的QPCR(SYBR以及TaqMan的都做过),这只是我小小的一点建议哈。仅供参考 |
8楼2011-11-16 17:13:10
terry130
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9楼2011-11-16 21:34:04
10楼2011-11-16 22:15:44













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