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bevan09

禁虫 (小有名气)

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cloverplm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

bevan09(金币+6): 回答的还挺专业的,谢谢! 2011-11-09 20:47:33
FYI:
1.首先要确定代表株:为啥选那些作为代表,一般是选择经典的,有文献参考的或者地域或年份等特定特征
2.找出整个树的root
3.由根溯源,你的研究株在树中处于什么地位,与哪些株进化距离最近
4.统筹分析整个树,你选择哪部分片段构建的树,为什么这样选择,作出这样的树能揭示怎样的进化规律
5. 有没有相关文献资料以及实验结论对你的分析结果作支撑
以上均为本人个人意见
净——静——竞——进
8楼2011-11-09 20:29:42
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

mega进化树有两个作用:
① 判断进化地位,你不要把图做成后边都是对齐的,根本看不出进化地位,越靠右越近代;
② 分支表示的是亲缘关系,离得越远亲缘关系越低,彼此靠近的二者基本可以认定为同种(如果blast出来后发现二者的同源性非常高的话),而它们之间的那个数值表示的是这个同源性的可靠程度多高。越高表示二者的亲缘关系(也就是同种)越可信。一般要>95才能表示是同种,66以上可以表示亚种或者变种之类的。
你老师做的这个图根本就不标准,很多信息都没出来,没法分析,我上面说的两点是进化树中最重要的分析内容,你的图上全都没显示,如何分析?
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
10楼2012-06-14 10:22:31
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329472829

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我也有同样的困惑,不知道怎么分析
6楼2011-11-09 12:39:34
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liujianmin68

木虫 (职业作家)

努力发展交叉学科

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引用回帖:
11楼: Originally posted by 金洁南 at 2014-01-12 12:05:39
能推荐比较适合初学者看的书么?关于生物信息的...

DNA和蛋白质序列数据分析工具,科学出版社的,现在是第三版,建议你看第一版和第二版的,第三版把组学分析的内容加进去了,感觉不太适合初学者。
转向地质微生物学
12楼2014-01-13 11:40:38
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liujianmin68

木虫 (职业作家)

努力发展交叉学科

【答案】应助回帖

bevan09(金币+2): 鎴戜篃鐭ラ?擄紝鍛靛懙锛屽?槸鎵句簡璧勬枡锛屽?戠幇閮芥病鏈夊叿浣撹鐨勩�傚?槸绋?寰??浜嗕笅銆� 2011-11-08 10:01:32
建议你把生物信息学好好学习一下,只有理解书本知识了,才能较好的分析这些结果,另外,很多生物信息学软件相关的图书上面也有较详尽的介绍,你不妨参考一下。
转向地质微生物学
2楼2011-11-08 09:15:38
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bevan09

禁虫 (小有名气)

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3楼2011-11-08 10:07:07
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distant616

金虫 (小有名气)

楼主也是研究anammox的啊?
4楼2011-11-08 16:20:16
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bevan09

禁虫 (小有名气)

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5楼2011-11-08 23:15:25
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bevan09

禁虫 (小有名气)

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7楼2011-11-09 14:12:36
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cloverplm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

bevan09(金币+4): 哦,我不怎么懂,所以就让公司帮我弄了。 2011-11-09 21:00:22
引用回帖:
7楼: Originally posted by bevan09 at 2011-11-09 14:12:36:
我在等生工帮我把序列拼接好呢,听别人说得到的序列不好直接比对,要先拼接之类的。麻烦!

序列拼接可以自己做的,用ContigExpress  很容易就能做到,而且自己能根据序列的背景信息和测序图谱判断测序结果是否可靠
净——静——竞——进
9楼2011-11-09 20:33:06
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