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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR测序结果出来后怎样在NCBI上进行比对？求各位高手帮忙！
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红色日历

木虫 (小有名气)

[交流] PCR测序结果出来后怎样在NCBI上进行比对？求各位高手帮忙！

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1楼 2011-10-31 09:41:26
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huguangdong

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
红色日历(金币+3): 谢谢 2011-10-31 14:57:09
blast比对，很简单，但是说起来就很麻烦，建议百度搜索一下，那里的教程可能会更容易懂一点。
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2楼2011-10-31 10:44:48
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imyting

至尊木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
红色日历(金币+3): 谢谢！ 2011-10-31 14:57:23
与目的基因序列一起建一个TXT文档（格式：>序列1      
                                                            >序列2），
进EBI的clustalw进行在线比对
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3楼2011-10-31 12:11:20
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water_0428

新虫 (初入文坛)
红色日历(金币+1): 2011-10-31 17:17:17
Blast  
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4楼2011-10-31 15:07:10
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xiaohaozi9876

铁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
红色日历(金币+1): 恩，我正在坑次坑次，呵呵 2011-10-31 17:17:34
自己摸索吧  当时这个我也是自己吭次坑次摸索出来的
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5楼2011-10-31 15:28:13
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
直接把你的全部序列复制，进入NCBI--Blast--Blast X  出现一个框，把你的序列全粘贴在框里，点击下面的Blast 就会出现新的页面，全部结果在那里
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6楼2011-11-01 20:43:24
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游侠892

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
红色日历(金币+1): 2011-11-18 14:37:36
引用回帖:
6楼: Originally posted by jinpeng_6118 at 2011-11-01 20:43:24:
直接把你的全部序列复制，进入NCBI--Blast--Blast X  出现一个框，把你的序列全粘贴在框里，点击下面的Blast 就会出现新的页面，全部结果在那里

NCBI提交序列时必须是fasta格式，记得在序列前面加上个“>”就OK了
选择“nucleotide blast ”，再就是记得选择物种就是了
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7楼2011-11-01 21:33:53
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红色日历

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jinpeng_6118 at 2011-11-01 20:43:24:
直接把你的全部序列复制，进入NCBI--Blast--Blast X  出现一个框，把你的序列全粘贴在框里，点击下面的Blast 就会出现新的页面，全部结果在那里

但是要想比对核酸序列呢？
我用第一个比对核酸序列相似性极低，但是用blastX比出来相似性却可以，我迷茫。。。
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8楼2011-12-06 10:35:05
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+3): Good！ 2011-12-08 18:48:22
引用回帖:
8楼: Originally posted by 红色日历 at 2011-12-06 10:35:05:
但是要想比对核酸序列呢？
我用第一个比对核酸序列相似性极低，但是用blastX比出来相似性却可以，我迷茫。。。

你要比核算的话最好把你找出序列中完整的ORF，然后把这个ORF直接进行Blastn，这样才能得到比较相似性的结果的
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红色日历
9楼2011-12-06 15:35:27
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弱弱的问

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+1): 鼓励交流 2011-12-08 18:48:32
进入NCBI——BLAST—选择nucleptide blast，将你所需要比对的序列输进去后，选择合适你的Database，点击blast，过一会就会有比对结果
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10楼2011-12-07 18:36:47
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红色日历

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by jinpeng_6118 at 2011-12-06 15:35:27:
你要比核算的话最好把你找出序列中完整的ORF，然后把这个ORF直接进行Blastn，这样才能得到比较相似性的结果的

谢谢！
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11楼2011-12-07 22:57:06
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我就是我！

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi去这个网址，选择比对的物种，将自己的序列复制粘贴到第一个框里，之后按照要求选择就可以了！
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12楼2012-07-27 20:12:41
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wanghf_6134

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by huguangdong at 2011-10-31 10:44:48
blast比对，很简单，但是说起来就很麻烦，建议百度搜索一下，那里的教程可能会更容易懂一点。

百度搜不到教程啊？想找个视频来着
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13楼2013-09-24 13:40:38
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