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jyongchao

木虫 (正式写手)

[求助] DNA双酶切后在两端加adapter的连接问题

各位高手,最近在做MSAP,要求先将总DNA经EcoR I 和Msp I(或Hpa II)酶切,然后在所有DNA片段两端要加上接头,PCR后跑胶看条带,对其中的连接一步不太懂,想请教几个问题:
     1、我的adapters有四个:EcoRI-adapterI、EcoRI-adapter II、H/M-adapterI、H/M-adapter II 都是合成的单链,如果进行连接是不是先要分别将EcoRI-adapterI和EcoRI-adapter II、H/M-adapterI和H/M-adapter II 配对后才能连?怎么配对呢? 直接56℃退火?
     2、我的T4连接酶是TaKaRa的,说明书上的例子是载体连接,这个连接体系能不能用到我这个上呢?因为包装是350U/ul ,说明书上是加了1ul 过夜16℃反应,感觉酶有点多呀
   3、EcoRI-adapter和H/M-adapter的比例、adapter与总DNA量的比例调成多少才能有比较好的连接效率?
   4、连接完成后直接PCR对最后的PCR效果有没有影响?

[ Last edited by jyongchao on 2011-10-16 at 20:57 ]
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rr6666ugh

禁虫 (正式写手)

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7楼2012-08-24 15:44:49
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xiaobao261

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
看天(金币+2): 鼓励一下 2011-11-14 21:36:20
jyongchao(金币+2): 谢谢 2011-11-26 00:13:16
接头需要1和2混合变性后复性,才能用。100摄氏度变性5分钟,缓慢冷却至室温。
2楼2011-11-14 10:27:20
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水中小妖

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
看天(金币+3): 鼓励交流 2011-11-14 21:36:36
我用的接头是这样退火的:
EcoR1:EcoR1-F(10uM)0.5ul
            EcoR1-R(10uM)0.5ul
            去离子水          1ul

Hpa/Mse: F (12.5uM) 4ul
                R (12.5uM) 4ul
                去离子水2ul

95° 5min,室温冷却后-20°保存。
酶切时H/M接头10ul,E接头2ul,总体积25ul。
路漫漫其修远,吾将上下而求索~
3楼2011-11-14 21:21:48
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jyongchao

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 水中小妖 at 2011-11-14 21:21:48:
我用的接头是这样退火的:
EcoR1:EcoR1-F(10uM)0.5ul
            EcoR1-R(10uM)0.5ul
            去离子水          1ul

Hpa/Mse: F (12.5uM) 4ul
                R (12.5uM) 4ul
          ...

额,谢谢,不过你不应助我给不了金币呀
4楼2011-11-26 00:15:43
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