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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求助关于分子对接问题
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luvase

铁虫 (正式写手)

[求助] 求助关于分子对接问题

我现在在学分子对接的软件，我从PDP数据库中查到我用的酶的结构，但是报道的PDB结构中对接了别的药物分子，我想请问一下，
    1. 当我想用我的化合物与这个酶进行对接，如何去掉已经报道了的PDB结构中的小分子？
    2. 用我合成的化合物与PDB进行对接预测,如何看docking 打分值的高低?
感激不尽!
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1楼 2011-09-23 09:25:10
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jinjingnan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
luvase(金币+5): 2011-09-23 10:34:36
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-23 21:58:58
1.不知你用的什么软件进行对接的，Surflex的话在受体准备对话框中有去除亚基选项，你选中要去除的亚基就可以啦。
2. 在对接结果对话框中会直接显示出各个已对接配体的分数的。不知是否有用，互相交流下啊！
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jjn
2楼2011-09-23 09:48:06
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luvase

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jinjingnan at 2011-09-23 09:48:06:
1.不知你用的什么软件进行对接的，Surflex的话在受体准备对话框中有去除亚基选项，你选中要去除的亚基就可以啦。
2. 在对接结果对话框中会直接显示出各个已对接配体的分数的。不知是否有用，互相交流下啊！

非常感谢，能否进行QQ交流下呢，我的是18495830，谢谢！
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3楼2011-09-23 10:27:34
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