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bevan09

禁虫 (小有名气)

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frankerry

银虫 (小有名气)

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★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-09-20 17:24:52
bevan09(金币+2): 2011-09-24 16:31:17
我正在做PCR,接下来就要给公司测序了。我想问的是:
1. 得到的16S rDNA序列包不包括载体序列?-------16S序列前段和后端大约60-100bp由于引物等原因在现有技术下测序结果不是很可靠,所以一般都会截取不用。公司给你两端测通之后进行拼接得到大约1500bp的序列可用。
2. 序列有了之后,如何进行序列的比对?--提交序列到NCBI,用在线blast比对与已提交序列相似性。具体方法很多虫子有详细步骤可以参考一下
3. 做完序列比对和系统进化分析后,可以用来干嘛?----可以知道你的菌株可能属于哪个菌属(根据相似性,一般来说细菌>=97%可认为其为同一菌属)
7楼2011-09-20 08:42:55
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另一个天堂

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-09-19 18:00:20
bevan09(金币+2): 2011-09-19 18:25:46
2。有专门的序列对比软件
3.我做测序,一般是进行品种(我做的事食用菌)验证
2楼2011-09-19 17:25:13
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


bevan09(金币+3): 2011-09-19 18:25:32
1949stone(金币+1): 鼓励 同意观点 2011-09-19 19:45:50
1 这个是看你测序的引物,如果用载体通用引物测序,是包含一段载体序列的,比对之前要先去载体;
2 看你的目的,如果是鉴定菌种,上NCBI Blast就行;
3 ……反了吧,应该你先有个目的,再来做实验~
3楼2011-09-19 18:01:33
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bevan09

禁虫 (小有名气)

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4楼2011-09-19 18:21:30
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