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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 想讨教下有关测序的一些问题。
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bevan09

禁虫 (小有名气)
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1楼 2011-09-19 16:20:56
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另一个天堂

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-09-19 18:00:20
bevan09(金币+2): 2011-09-19 18:25:46
2。有专门的序列对比软件
3.我做测序，一般是进行品种（我做的事食用菌）验证
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2楼2011-09-19 17:25:13
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
bevan09(金币+3): 2011-09-19 18:25:32
1949stone(金币+1): 鼓励 同意观点 2011-09-19 19:45:50
1 这个是看你测序的引物，如果用载体通用引物测序，是包含一段载体序列的，比对之前要先去载体；
2 看你的目的，如果是鉴定菌种，上NCBI Blast就行；
3 ……反了吧，应该你先有个目的，再来做实验～
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3楼2011-09-19 18:01:33
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bevan09

禁虫 (小有名气)
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4楼2011-09-19 18:21:30
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bevan09

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5楼2011-09-19 18:24:13
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xyj114114

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-09-20 08:04:25
1.如果你送的样使转化带载体的，结果会带载体序列；
2.比对可以用Blast软件;
3.用来分析待测菌株的系统发育地位
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bevan09
6楼2011-09-19 22:02:14
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frankerry

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-09-20 17:24:52
bevan09(金币+2): 2011-09-24 16:31:17
我正在做PCR，接下来就要给公司测序了。我想问的是：
1. 得到的16S rDNA序列包不包括载体序列？-------16S序列前段和后端大约60-100bp由于引物等原因在现有技术下测序结果不是很可靠，所以一般都会截取不用。公司给你两端测通之后进行拼接得到大约1500bp的序列可用。
2. 序列有了之后，如何进行序列的比对？--提交序列到NCBI，用在线blast比对与已提交序列相似性。具体方法很多虫子有详细步骤可以参考一下
3. 做完序列比对和系统进化分析后，可以用来干嘛？----可以知道你的菌株可能属于哪个菌属（根据相似性，一般来说细菌>=97%可认为其为同一菌属）
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7楼2011-09-20 08:42:55
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bevan09

禁虫 (小有名气)
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8楼2011-09-24 16:31:54
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bevan09

禁虫 (小有名气)
送鲜花一朵
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9楼2011-09-24 16:33:26
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林林的小虫

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by bevan09 at 2011-09-19 18:21:30
我做的是厌氧氨氧化细菌的菌种鉴定及其定量。是帮一个老师做的，她让我将一系列的过程整理出来，这样思路比较清晰。我要做菌种的鉴定，就是要通过测序来的吧？...

呀，那请问：厌氧氨氧化细菌克隆所用载体和引物都是什么呢？不同细菌所用载体不同吧，是以其pb数区别么？【谢谢~】
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天天向上
10楼2013-07-14 16:49:27
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