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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用gromacs如何实现 zero tension simulation
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ruthxu

金虫 (正式写手)

[求助] 用gromacs如何实现 zero tension simulation

在模拟膜的过程中，经常会用到a zero tension simulation， 想请教一下大家有没有模拟膜用到过这个条件，是如何实现的？
谢谢！
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Betterlatethannever!
1楼 2011-08-25 17:18:12
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-26 20:05:59
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-26 20:06:19
ruthxu(金币+3): 2011-08-27 22:13:35
ruthxu(金币+7): 2011-09-01 19:17:33
引用回帖:
1楼: Originally posted by ruthxu at 2011-08-25 17:18:12:
在模拟膜的过程中，经常会用到a zero tension simulation， 想请教一下大家有没有模拟膜用到过这个条件，是如何实现的？
谢谢！

膜的张力由projected area per lipid决定。有了这个关键性的提示，你自己思考下怎么样才能改变projected area per lipd。
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3楼2011-08-26 18:34:25
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-08-26 18:34:25:
膜的张力由projected area per lipid决定。有了这个关键性的提示，你自己思考下怎么样才能改变projected area per lipd。

我可能没有问清楚，在gromacs压力耦合中，耦合方式semiisotropic，在模拟膜的时候，xy平面的压力和z方向的压力如何设置，才是zero tension simulation？
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Betterlatethannever!
4楼2011-08-27 22:21:55
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ruthxu at 2011-08-27 22:21:55:
我可能没有问清楚，在gromacs压力耦合中，耦合方式semiisotropic，在模拟膜的时候，xy平面的压力和z方向的压力如何设置，才是zero tension simulation？

我不用gromacs，不清楚了。
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5楼2011-08-28 14:12:48
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
4楼: Originally posted by ruthxu at 2011-08-27 22:21:55:
我可能没有问清楚，在gromacs压力耦合中，耦合方式semiisotropic，在模拟膜的时候，xy平面的压力和z方向的压力如何设置，才是zero tension simulation？

师姐，做的这么先进啊，哈哈...

我只知道GROMACS的semiisotropic是在xy方向上用的同一个压力和压缩系数，不知道你的zero tension simulation 是什么含义。哈哈
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6楼2011-08-28 22:43:06
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