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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp模拟小分子吸附，如何固定小分子自身的键长？
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tfl03

木虫 (职业作家)

[求助] vasp模拟小分子吸附，如何固定小分子自身的键长？

各位使用vasp的虫友：小分子吸附，如何固定小分子自身的键长。在优化初期，小分子的自我伸缩浪费了不少时间。
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1楼 2011-08-17 07:10:44
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tfl03

木虫 (职业作家)
★ ★
cenwanglai(金币+2): 谢谢回复，呵呵。 2011-08-17 09:01:31
引用回帖:
1楼: Originally posted by tfl03 at 2011-08-17 07:10:44:
各位使用vasp的虫友：小分子吸附，如何固定小分子自身的键长。在优化初期，小分子的自我伸缩浪费了不少时间。

http://theory.cm.utexas.edu/forum/viewtopic.php?f=2&t=100
这个帖子说vasp无此功能。

How to fix the bond length ?
Vasp transition state theory tools

Moderator: moderators

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How to fix the bond length ?
by dwyuan » Thu Aug 31, 2006 3:02 am

Dear all,

I want to calculate a reaction path with fixing bond length method.
How to do it in VASP code?

Thanks !dwyuan
  
Posts: 21
Joined: Fri Jun 09, 2006 8:31 pm Top
--------------------------------------------------------------------------------
by graeme » Thu Aug 31, 2006 4:52 am

There is just no support for fixing bond lengths in vasp. You can only constrain the motion of atoms along the lattice vectors, through the selective dynamics flags in the poscar file.
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2楼2011-08-17 07:11:41
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cavediger

金虫 (正式写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示，但此种方法不可行。 2011-08-17 15:15:11
引用回帖:
1楼: Originally posted by tfl03 at 2011-08-17 07:10:44:
各位使用vasp的虫友：小分子吸附，如何固定小分子自身的键长。在优化初期，小分子的自我伸缩浪费了不少时间。

把键两端的原子坐标“F F F"，不固定的就”T T T"
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
3楼2011-08-17 08:41:29
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tfl03

木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cavediger at 2011-08-17 08:41:29:
把键两端的原子坐标“F F F"，不固定的就”T T T"

谢谢，不过您说的是固定位置，那样全固定死了。我想固定两三个原子间的相对位置，而这两三个原子形成的分子可以自由运动。
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4楼2011-08-17 08:54:21
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-08-17 15:15:36
引用回帖:
3楼: Originally posted by cavediger at 2011-08-17 08:41:29:
把键两端的原子坐标“F F F"，不固定的就”T T T"

可不可以用dimer呢？
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5楼2011-08-17 09:01:48
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tfl03

木虫 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-08-17 09:01:48:
可不可以用dimer呢？

好像不可以，说明书里的dimer是另一回事。
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此处回帖者，声名水上流。
6楼2011-08-17 11:50:06
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cavediger

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-08-17 09:01:48:
可不可以用dimer呢？

dimer是找鞍点的
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
7楼2011-08-17 17:40:21
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cavediger

金虫 (正式写手)
★
uuv2010(金币+1): 欢迎参加讨论 2011-08-18 23:55:34
引用回帖:
4楼: Originally posted by tfl03 at 2011-08-17 08:54:21:
谢谢，不过您说的是固定位置，那样全固定死了。我想固定两三个原子间的相对位置，而这两三个原子形成的分子可以自由运动。

明白你的意思了，你想把吸附的分子做部分优化，还想让分子整体相对于表面优化，这样做优化恐怕不行......
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
8楼2011-08-17 17:48:06
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
tfl03(金币+1): 1 2011-08-19 12:35:07
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-19 16:42:30
为了加快收敛，可以分两步计算：
1.优化衬底
2.固定衬底，优化吸附分子
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9楼2011-08-18 23:58:34
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mirror27

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《我的饕餮》
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10楼2011-08-31 16:14:20
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