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wanghd2826铁虫 (小有名气)
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[求助]
自设简并引物几对，请高手帮检查下~~~
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刚开始学习简并引物的设计，看了几篇经典的帖子，受益匪浅，按照步骤尝试设计了几对，但是对于简并引物的检测还不是很有信心，比如退火温度、错配率等等如何协调到最优，希望各路虫友帮忙看下这几对合适不。 上5’-GCYGGITTYGARACITCITCNAC-3’ 下5’-CCRAAICGCATNCCDATRCA-3’ 上5’-GARACICTICGNAARTAYCCNC-3’ 下5’-CCRAAICGIAGNCCDATRCA-3’ 上5’-GCYGGITTYGARACITCITCNAC-3’ 下5’-CGIGGNCCYTCNCCIAAIGG-3’ 上5’-GARACICTICGNAARTAYCCNC-3’ 下5’-CCRAAICGCATNCCDATRCA-3’ |
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 【分子生物】EPI帖 |
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2楼2011-08-09 10:02:13
第五平原
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3楼2011-08-09 12:33:51
wanghd2826
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4楼2011-08-10 09:53:09
wanghd2826
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5楼2011-08-10 09:55:06
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6楼2011-08-10 10:01:03
jinkui960
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-08-10 12:13:44
西瓜(金币+5): 学习了！很有经验呢！ 2011-08-10 17:56:19
wanghd2826(金币+15): 多谢指点，以后有不懂的地方再请教前辈！ 2011-08-11 23:16:14
西瓜: 漏了EPI，现在补上，抱歉哦！ 2011-08-12 00:15:54
西瓜(MolEPI+1): 2011-08-12 09:06:50
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wanghd2826(金币+15): 多谢指点，以后有不懂的地方再请教前辈！ 2011-08-11 23:16:14
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西瓜(MolEPI+1): 2011-08-12 09:06:50
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既然是简并引物，目的引物的序列是不确定的，你用软件检测是没有办法计算得到简并引物的TM值的，推荐使用Touch-down PCR程序，引物之间的TM差别大一点没有关系的，我们以前曾经计算过，利用简并引物扩增得到目的序列，测序以后发现两条引物之间的TM值差别达到15-20度，所以不要太纠结于简并引物的TM，只要注意引物的GC值不要太高和太低就可以了。 祝顺利！ |
7楼2011-08-10 10:08:12
8楼2011-08-10 10:46:33
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9楼2011-08-11 23:18:16
wanghd2826
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