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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 自设简并引物几对，请高手帮检查下~~~
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wanghd2826

铁虫 (小有名气)

[求助] 自设简并引物几对，请高手帮检查下~~~

刚开始学习简并引物的设计，看了几篇经典的帖子，受益匪浅，按照步骤尝试设计了几对，但是对于简并引物的检测还不是很有信心，比如退火温度、错配率等等如何协调到最优，希望各路虫友帮忙看下这几对合适不。
上5’-GCYGGITTYGARACITCITCNAC-3’      下5’-CCRAAICGCATNCCDATRCA-3’

上5’-GARACICTICGNAARTAYCCNC-3’      下5’-CCRAAICGIAGNCCDATRCA-3’

上5’-GCYGGITTYGARACITCITCNAC-3’     下5’-CGIGGNCCYTCNCCIAAIGG-3’

上5’-GARACICTICGNAARTAYCCNC-3’      下5’-CCRAAICGCATNCCDATRCA-3’
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1楼 2011-08-08 22:54:15
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wanghd2826

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by love_st at 2011-08-09 10:02:13:
为什么简并点都设计在3‘末端，主要从3’末端开始延伸，这样容易错配，还有为什么都是A结尾啊，容易错配，简并数未免有点多

多谢帮忙啊~
不过我看到许多文献中的3‘端也是简并的啊，这里确实有点不理解。我该怎么修改呢？
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4楼2011-08-10 09:53:09
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love_st

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): 鼓励 2011-08-10 12:13:17
为什么简并点都设计在3‘末端，主要从3’末端开始延伸，这样容易错配，还有为什么都是A结尾啊，容易错配，简并数未免有点多
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2楼2011-08-09 10:02:13
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第五平原

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): 欢迎讨论 2011-08-10 12:13:31
2楼说的对，3’的碱基以A结尾很容易引发错配，最好是能以T结尾，另外上下游引物之间CG含量和退火温度差异不要太大。
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勤勉
3楼2011-08-09 12:33:51
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wanghd2826

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 第五平原 at 2011-08-09 12:33:51:
2楼说的对，3’的碱基以A结尾很容易引发错配，最好是能以T结尾，另外上下游引物之间CG含量和退火温度差异不要太大。

请问是不是简并引物的退火温度越高越好呢，例如在70度左右，还有就是我用PP5和Oligo6检测得到的退火温度不一样啊 差别还不小，应该用哪个软较好呢？
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5楼2011-08-10 09:55:06
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