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wanghd2826

铁虫 (小有名气)

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注册: 2011-06-06
性别: GG
专业: 森林生物学

[求助] 自设简并引物几对，请高手帮检查下~~~

刚开始学习简并引物的设计，看了几篇经典的帖子，受益匪浅，按照步骤尝试设计了几对，但是对于简并引物的检测还不是很有信心，比如退火温度、错配率等等如何协调到最优，希望各路虫友帮忙看下这几对合适不。
上5’-GCYGGITTYGARACITCITCNAC-3’    下5’-CCRAAICGCATNCCDATRCA-3’

上5’-GARACICTICGNAARTAYCCNC-3’    下5’-CCRAAICGIAGNCCDATRCA-3’

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1楼 2011-08-08 22:54:15

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-08-10 12:13:44
西瓜(金币+5): 学习了！很有经验呢！ 2011-08-10 17:56:19
wanghd2826(金币+15): 多谢指点，以后有不懂的地方再请教前辈！ 2011-08-11 23:16:14
西瓜: 漏了EPI，现在补上，抱歉哦！ 2011-08-12 00:15:54
西瓜(MolEPI+1): 2011-08-12 09:06:50

引用回帖:

5楼: Originally posted by wanghd2826 at 2011-08-10 09:55:06:
请问是不是简并引物的退火温度越高越好呢，例如在70度左右，还有就是我用PP5和Oligo6检测得到的退火温度不一样啊差别还不小，应该用哪个软较好呢？

既然是简并引物，目的引物的序列是不确定的，你用软件检测是没有办法计算得到简并引物的TM值的，推荐使用Touch-down PCR程序，引物之间的TM差别大一点没有关系的，我们以前曾经计算过，利用简并引物扩增得到目的序列，测序以后发现两条引物之间的TM值差别达到15-20度，所以不要太纠结于简并引物的TM，只要注意引物的GC值不要太高和太低就可以了。
祝顺利！