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flowers123

银虫 (小有名气)

[求助] 求助:关于二聚体的单点能

我前最近在算一个二聚体的单点能,用z-矩阵写的坐标,发现计算单体能量时,加不加nosymm,结果一样;但是计算总能量时,加了nosymm就低一点。
1、无论怎么调坐标总能量都是这两个值没有变化。
2、发现计算单体时,用笛卡尔坐标跟z矩阵还不一样呢!
3、是二聚体本来就是这样,还是我写错了。苦查资料没有结果,希望明白人指导一下。
提前致谢,稍后奉上金币!

[ Last edited by gmy1990 on 2011-7-11 at 18:14 ]
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flowers123

银虫 (小有名气)

我该肿么办呢
盼望长成一只小菜鸟......
2楼2011-07-11 19:05:18
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献,奖励一下! 2011-07-11 22:27:52
flowers123(金币+5): 2011-07-12 20:30:40
虽然你的问题说明不够详细,但我看你对二聚体的单点能的计算还是对的。

计算单体能量时,加不加nosymm,结果应是一样的。

不加nosymm,是从分析分子的对称性从而减少一些计算量。加nosymm,无非是多了些重复计算而已,结果是一样的。些微的差别,是重复计算并不会完全对等,误差累积的结果。
3楼2011-07-11 22:10:53
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独唱团

金虫 (正式写手)

你说能量不一样,到底差多少,几电子伏?
4楼2011-07-12 03:40:20
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flowers123

银虫 (小有名气)

其实差别还是很大的,用dz计算总能量加了nosymm之后比不加nosymm低了0.0005hatree,看起来不是很大,但是对结合能的影响非常明显达到10%!
我想问的是,二聚体计算总能量是不是都存在这个问题呢?
如果坐标写的不太对的话,修改坐标应该能是加不加nosymm的能量逐渐接近的吧,可是我的总能量一直保持这两个值不变。应该说明,我的坐标写的是正确的吧?
不好意思,麻烦各位帮我在分析一下,我明白之后,一定如数奉上金币。拜谢!
特别感谢zhou2009大侠,我下载过你提供的不少资料,在此一并谢过。
盼望长成一只小菜鸟......
5楼2011-07-12 20:45:16
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mchen10

金虫 (正式写手)

★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-07-13 08:38:40
0.3 kca/mol很小了,差不多可以忽略(很多情况下)
可以提高收敛标准试试
更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
6楼2011-07-13 04:29:54
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flowers123

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by mchen10 at 2011-07-13 04:29:54:
0.3 kca/mol很小了,差不多可以忽略(很多情况下)
可以提高收敛标准试试

结合能是差0.3kca/mol,我现在就是纠结在能不能忽略上。10%啊,相当大了,我就是搞不明白,单体计算能量加不加nosymm都一样,偏偏计算二聚体,无论坐标怎么改都是有这么个差距
盼望长成一只小菜鸟......
7楼2011-07-13 10:33:52
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flowers123

银虫 (小有名气)

我试试
盼望长成一只小菜鸟......
8楼2011-07-13 10:34:25
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