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flowers123银虫 (小有名气)
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[求助]
求助：关于二聚体的结合能和nosymm关键字的问题
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目前计算遇到困难，不知如何展开下去，问了实验室的师兄也都没有给出实用的建议，毕竟他们都没做过类似的题目。希望有遇到过的虫友给分析分析。目前在做二聚体的结合能问题如下; 1、二聚体具有严格的分子对称性，在计算二聚体的总能量时，发现在输入文件中加入nosymm比不加计算得到的能量大0.001hatree左右，计算扣除bsse的结合能时，结合能差0.3kcalmol左右。查了资料，nosymm是去掉分子轨道的对称性，不明白为什么对高对称性的二聚体总能量影响那么大? 2、单体的能量计算时，因为要加入别的东西，破坏了对称性，所以一直是加入nosymm的，不加就算不动。由加了nosymm的总能量减去单体的能量得到的结合能，跟文献资料相差0.002kcal\mol，是不是说明，为了保持一致，必须两个文件都要加入nosymm？ 老板很忙，自己年纪一大把学点东西很难，希望各位虫友帮忙指导一下，我看了一下午小木虫上nosymm相关的内容，还是没有搞懂。希望有人能帮我解决，在此拜谢！！ [ Last edited by flowers123 on 2011-7-3 at 17:56 ] |
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2楼2011-07-03 19:28:52
flowers123
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怎么没有人回答我呢3楼2011-07-04 08:43:14
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zhou2009
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【答案】应助回帖
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flowers123(金币+5): 感谢 2011-07-04 14:29:19
flowers123(金币+2): 追加，感谢回帖内容如此长 2011-07-04 15:01:45
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-05 11:38:17
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我的体会是，程序计算时默认进行对称性操作，其目的仅仅是利用对称性操作，可以对对称性相同的轨道之间的积分避免重复计算，从而减少计算量。 nosymm仅只是说程序对分子不进行对称性操作，不是说不承认其固有的对称性，无非是多一些重复计算而已。所以加不加nosymm影响不大。 当然由于加nosymm，没有强调先找出对称性，重复计算对称性相同的轨道之间的积分会多少有点计算误差。 nosymm只是在需要保持分子前后坐标保持不变时加，如作电子密度差。因为不加nosymm，程序会进行对称性操作，将分子改变坐标轴取向、挪动分子电子密度重心于坐标原点。 对于单个原子，要慎加nosymm。因为默认进行对称性操作，计算结果会将某一个单占或双占（孤对电子）轨道放在某一个坐标轴方向，有利于我们观察。 但加nosymm，因不计较对称性，这种单占或双占（孤对电子）轨道可能用多个坐标轴分量来表达，不利于我们观察。 [ Last edited by zhou2009 on 2011-7-4 at 10:46 ] |
5楼2011-07-04 10:33:04
flowers123
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分子体系并不是很大，总共有三十个原子左右，对称性非常好。我认为这个差值很大的，因为结合能只有3kcal\mol ，差0.3kcal\mo就是10%，只是无论如何不能允许的。 我知道加上利用对称性会极大的减少计算量，但是加与不加相差比较大，不知道怎么选择。我原来一直认为，对称性这么好，应该加不加都一样的。请问你的意思是说，我的体系对称性低的状态更稳定么？ 我为了重复文献上的计算结果，用的它结构数据，方法和基组都一样。只有计算包它是g03，我用g09，目前实验室计算系统没有g03。没办法直接重复计算。 另外阁下能不能指点下，g03和g09记算能量一般都差别这么大么?怎么调整g09的参数是更接近g03的结果？我目前调整了scf收敛精度，发现基本没有影响。 |
6楼2011-07-04 14:57:46
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感谢斑竹大人回帖指导。 我也本来认为加了 nosymm，最多只是更昂贵些。使我的结构问题么？也不是啊，结构是用的文献上的数据，自己手写的z矩阵坐标，构建的模型，对称性是不容置疑的。可不可以认为，我的构型对称性是肯定的确定没有问题的，不用程序对它进行对称性操作，将分子改变坐标轴取向、挪动分子电子密度重心于坐标原点等等，所以要使用nosymm。那这样的话，加不加nosymm应该差别不大的！为啥我的计算结果差别如此巨大！！是在不能理解。 弱弱的问一句版主，我这样的数据差距也属于计算误差范围么？（⊙﹏⊙b汗，我觉得数值差距有点太大了）因为加了nosymm的结果更接近文献值，我是否可以认为,不加nosymm得到的总能量是有问题的？也就是说，我因为计算单体能量的时候使用了nosymm，为了保持一致性计算总能量是也要加呢? 在此拜谢 |
7楼2011-07-04 15:35:33
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8楼2011-07-04 15:41:27
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10楼2011-07-04 20:35:39
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