应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 求助：关于二聚体的结合能和nosymm关键字的问题
141/2返回列表12下一页
查看: 1935  |  回复: 13
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

flowers123

银虫 (小有名气)

[求助] 求助：关于二聚体的结合能和nosymm关键字的问题

目前计算遇到困难，不知如何展开下去，问了实验室的师兄也都没有给出实用的建议，毕竟他们都没做过类似的题目。希望有遇到过的虫友给分析分析。目前在做二聚体的结合能问题如下;
1、二聚体具有严格的分子对称性，在计算二聚体的总能量时，发现在输入文件中加入nosymm比不加计算得到的能量大0.001hatree左右，计算扣除bsse的结合能时，结合能差0.3kcalmol左右。查了资料，nosymm是去掉分子轨道的对称性，不明白为什么对高对称性的二聚体总能量影响那么大?
2、单体的能量计算时，因为要加入别的东西，破坏了对称性，所以一直是加入nosymm的，不加就算不动。由加了nosymm的总能量减去单体的能量得到的结合能，跟文献资料相差0.002kcal\mol，是不是说明，为了保持一致，必须两个文件都要加入nosymm？
老板很忙，自己年纪一大把学点东西很难，希望各位虫友帮忙指导一下，我看了一下午小木虫上nosymm相关的内容，还是没有搞懂。希望有人能帮我解决，在此拜谢！！

[ Last edited by flowers123 on 2011-7-3 at 17:56 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
盼望长成一只小菜鸟......
1楼2011-07-03 17:53:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ieee18

捐助贵宾 (著名写手)

桥东会务

【答案】应助回帖

★ ★
uuv2010(金币-2): 请针对问题回帖 2011-07-03 20:04:07
ben_ladeng: 建议去学术会议发布栏发帖。希望您不要这样发布消息。 2011-07-03 20:04:59
内容已删除
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-07-03 19:28:52
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flowers123

银虫 (小有名气)
怎么没有人回答我呢
求助帖，非常焦急，无关的内容请不要贴进来，谢谢啦
赞一下 回复此楼
盼望长成一只小菜鸟......
3楼2011-07-04 08:43:14
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★
flowers123(金币+5): 感谢！ 2011-07-04 14:28:59
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-05 11:37:34
加上利用对称性会极大的减少计算量，对于高分子有对称性还是利用对称性比较好（个人见解）~~但是对于某些体系的最稳定状态并不一定是对称性最高的状态，所以对称性的选择要注意下。另外这个能量差很大么？感觉用g03和g09算的能量误差有时候就比这个大了~~看看文献上用的方法和软件版本与你的是否有出入
赞一下(1人) 回复此楼
轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
4楼2011-07-04 10:24:32
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
flowers123(金币+5): 感谢 2011-07-04 14:29:19
flowers123(金币+2): 追加，感谢回帖内容如此长 2011-07-04 15:01:45
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-05 11:38:17
我的体会是，程序计算时默认进行对称性操作，其目的仅仅是利用对称性操作，可以对对称性相同的轨道之间的积分避免重复计算，从而减少计算量。

nosymm仅只是说程序对分子不进行对称性操作，不是说不承认其固有的对称性，无非是多一些重复计算而已。所以加不加nosymm影响不大。

当然由于加nosymm，没有强调先找出对称性，重复计算对称性相同的轨道之间的积分会多少有点计算误差。

nosymm只是在需要保持分子前后坐标保持不变时加，如作电子密度差。因为不加nosymm，程序会进行对称性操作，将分子改变坐标轴取向、挪动分子电子密度重心于坐标原点。

对于单个原子，要慎加nosymm。因为默认进行对称性操作，计算结果会将某一个单占或双占（孤对电子）轨道放在某一个坐标轴方向，有利于我们观察。
但加nosymm，因不计较对称性，这种单占或双占（孤对电子）轨道可能用多个坐标轴分量来表达，不利于我们观察。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-7-4 at 10:46 ]
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-07-04 10:33:04
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flowers123

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-07-04 10:24:32:
加上利用对称性会极大的减少计算量，对于高分子有对称性还是利用对称性比较好（个人见解）~~但是对于某些体系的最稳定状态并不一定是对称性最高的状态，所以对称性的选择要注意下。另外这个能量差很大么？感觉用g ...

分子体系并不是很大，总共有三十个原子左右，对称性非常好。我认为这个差值很大的，因为结合能只有3kcal\mol ，差0.3kcal\mo就是10%，只是无论如何不能允许的。
我知道加上利用对称性会极大的减少计算量，但是加与不加相差比较大，不知道怎么选择。我原来一直认为，对称性这么好，应该加不加都一样的。请问你的意思是说，我的体系对称性低的状态更稳定么？
我为了重复文献上的计算结果，用的它结构数据，方法和基组都一样。只有计算包它是g03，我用g09，目前实验室计算系统没有g03。没办法直接重复计算。

另外阁下能不能指点下，g03和g09记算能量一般都差别这么大么?怎么调整g09的参数是更接近g03的结果？我目前调整了scf收敛精度，发现基本没有影响。
赞一下 回复此楼
盼望长成一只小菜鸟......
6楼2011-07-04 14:57:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flowers123

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2011-07-04 10:33:04:
我的体会是，程序计算时默认进行对称性操作，其目的仅仅是利用对称性操作，可以对对称性相同的轨道之间的积分避免重复计算，从而减少计算量。

nosymm仅只是说程序对分子不进行对称性操作，不是说不承认其固有的 ...

感谢斑竹大人回帖指导。
我也本来认为加了 nosymm，最多只是更昂贵些。使我的结构问题么？也不是啊，结构是用的文献上的数据，自己手写的z矩阵坐标，构建的模型，对称性是不容置疑的。可不可以认为，我的构型对称性是肯定的确定没有问题的，不用程序对它进行对称性操作，将分子改变坐标轴取向、挪动分子电子密度重心于坐标原点等等，所以要使用nosymm。那这样的话，加不加nosymm应该差别不大的！为啥我的计算结果差别如此巨大！！是在不能理解。

弱弱的问一句版主，我这样的数据差距也属于计算误差范围么？（⊙﹏⊙b汗，我觉得数值差距有点太大了）因为加了nosymm的结果更接近文献值，我是否可以认为,不加nosymm得到的总能量是有问题的？也就是说，我因为计算单体能量的时候使用了nosymm，为了保持一致性计算总能量是也要加呢?
在此拜谢
赞一下 回复此楼
盼望长成一只小菜鸟......
7楼2011-07-04 15:35:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flowers123

银虫 (小有名气)
发出去就不能修改了，恳请懂行的各位指导我，金币不断追加中.....钱不是问题，虽然钱不多。
赞一下 回复此楼
盼望长成一只小菜鸟......
8楼2011-07-04 15:41:27
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者
引用回帖:
Originally posted by flowers123 at 2011-07-04 14:57:46:
分子体系并不是很大，总共有三十个原子左右，对称性非常好。我认为这个差值很大的，因为结合能只有3kcal\mol ，差0.3kcal\mo就是10%，只是无论如何不能允许的。
我知道加上利用对称性会极大的减少计算量，但是 ...

能把你的头文件贴一下么
赞一下 回复此楼
轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
9楼2011-07-04 18:22:08
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flowers123

银虫 (小有名气)
%mem=256mb
%nprocl=4
%nproc=2
#gfinput iop(6/7=3)
#p mp2/gen nosymm
我不是很明白 阁下说的 头文件是不是坐标前面的这部分。
今天下午我个饭gfinput输出了一下，dz基组的详细内容，发现g09里面的都在和g94差好多，这么说是不是g03中用dz也和g09的dz也会有差别，是个是不是也会引起计算结果不同呢?
赞一下 回复此楼
盼望长成一只小菜鸟......
10楼2011-07-04 20:35:39
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 flowers123 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭