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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请问在做药物分子对接时药物分子结构文件的准备
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vetzcm

木虫 (正式写手)

[交流] 请问在做药物分子对接时药物分子结构文件的准备 已有5人参与

大家好！我想请教下，如果做药物分子与蛋白质分子对接，目标药物分子自己绘制结构时，是绘制成完整分子形式还是药物的离子形式呢？两者有影响吗？麻烦了解的各位虫友帮帮忙，十分感谢！
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1楼 2011-06-30 12:47:54
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kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-23 22:18:07
引用回帖:
4楼: Originally posted by tjegg at 2011-07-01 07:03:04:
加氢，加电荷，赋力场，简单做500优化。

药物代谢也不会代谢成离子，既然是对接肯定要完整的分子，如果要考虑体内代谢那就比较复杂了。
赞一下(2人) 回复此楼
我们在为了文章而搞科研
9楼2011-08-22 15:11:22
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vetzcm

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by vivi1988 at 2011-06-30 13:28:23:
完整分子形式

谢谢你！也就是说，我可以根据我目标药物的CAS号网上下载药物的Mol文件，然后转换成我需要的文件格式mol2（比如加上gasteiger charges等），就可以进行对接了是吗？
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3楼2011-06-30 16:00:32
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-07-01 19:44:22
引用回帖:
Originally posted by vetzcm at 2011-06-30 16:00:32:
谢谢你！也就是说，我可以根据我目标药物的CAS号网上下载药物的Mol文件，然后转换成我需要的文件格式mol2（比如加上gasteiger charges等），就可以进行对接了是吗？

加氢，加电荷，赋力场，简单做500优化。
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2011-07-01 07:03:04
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vetzcm

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-07-01 07:03:04:
加氢，加电荷，赋力场，简单做500优化。

你好！我是做药物分子反向对接，用的是网上的数据库搜索，这个数据库是TarFisDock,其中只需要我们提交自己研究分子的mol2文件就可以了，但我发现，药物离子形式和完整分子形式的mol2文件提交后，会得到不一样的结果，它们的靶蛋白有差别，energy score 也会不一样。所以，我现在觉得，如果按照我们做实验的实际情况来看，比如药物处理细胞，在细胞内发挥作用，药物应该是离子形式作用吧？
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5楼2011-07-01 12:06:33
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