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vetzcm

木虫 (正式写手)

[交流] 请问在做药物分子对接时药物分子结构文件的准备 已有5人参与

大家好!我想请教下,如果做药物分子与蛋白质分子对接,目标药物分子自己绘制结构时,是绘制成完整分子形式还是药物的离子形式呢?两者有影响吗?麻烦了解的各位虫友帮帮忙,十分感谢!
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vetzcm

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-07-01 07:03:04:
加氢,加电荷,赋力场,简单做500优化。

你好!我是做药物分子反向对接,用的是网上的数据库搜索,这个数据库是TarFisDock,其中只需要我们提交自己研究分子的mol2文件就可以了,但我发现,药物离子形式和完整分子形式的mol2文件提交后,会得到不一样的结果,它们的靶蛋白有差别,energy score 也会不一样。所以,我现在觉得,如果按照我们做实验的实际情况来看,比如药物处理细胞,在细胞内发挥作用,药物应该是离子形式作用吧?
5楼2011-07-01 12:06:33
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vetzcm

木虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by vivi1988 at 2011-06-30 13:28:23:
完整分子形式

谢谢你!也就是说,我可以根据我目标药物的CAS号网上下载药物的Mol文件,然后转换成我需要的文件格式mol2(比如加上gasteiger charges等),就可以进行对接了是吗?
3楼2011-06-30 16:00:32
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-07-01 19:44:22
引用回帖:
Originally posted by vetzcm at 2011-06-30 16:00:32:
谢谢你!也就是说,我可以根据我目标药物的CAS号网上下载药物的Mol文件,然后转换成我需要的文件格式mol2(比如加上gasteiger charges等),就可以进行对接了是吗?

加氢,加电荷,赋力场,简单做500优化。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
4楼2011-07-01 07:03:04
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史东林

木虫 (知名作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
我以后想学,从哪里入手
6楼2011-07-01 22:43:58
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