24小时热门版块排行榜    

查看: 2275  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

vetzcm

木虫 (正式写手)

[交流] 请问在做药物分子对接时药物分子结构文件的准备 已有5人参与

大家好!我想请教下,如果做药物分子与蛋白质分子对接,目标药物分子自己绘制结构时,是绘制成完整分子形式还是药物的离子形式呢?两者有影响吗?麻烦了解的各位虫友帮帮忙,十分感谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vetzcm

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-07-01 07:03:04:
加氢,加电荷,赋力场,简单做500优化。

你好!我是做药物分子反向对接,用的是网上的数据库搜索,这个数据库是TarFisDock,其中只需要我们提交自己研究分子的mol2文件就可以了,但我发现,药物离子形式和完整分子形式的mol2文件提交后,会得到不一样的结果,它们的靶蛋白有差别,energy score 也会不一样。所以,我现在觉得,如果按照我们做实验的实际情况来看,比如药物处理细胞,在细胞内发挥作用,药物应该是离子形式作用吧?
5楼2011-07-01 12:06:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

vetzcm

木虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by vivi1988 at 2011-06-30 13:28:23:
完整分子形式

谢谢你!也就是说,我可以根据我目标药物的CAS号网上下载药物的Mol文件,然后转换成我需要的文件格式mol2(比如加上gasteiger charges等),就可以进行对接了是吗?
3楼2011-06-30 16:00:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-07-01 19:44:22
引用回帖:
Originally posted by vetzcm at 2011-06-30 16:00:32:
谢谢你!也就是说,我可以根据我目标药物的CAS号网上下载药物的Mol文件,然后转换成我需要的文件格式mol2(比如加上gasteiger charges等),就可以进行对接了是吗?

加氢,加电荷,赋力场,简单做500优化。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
4楼2011-07-01 07:03:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

史东林

木虫 (知名作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
我以后想学,从哪里入手
6楼2011-07-01 22:43:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 266求调剂 +4 阳阳哇塞 2026-03-14 8/400 2026-03-18 12:43 by Linda Hu
[考研] 344求调剂 +5 knight344 2026-03-16 5/250 2026-03-18 12:39 by 学员HHvs9Y
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 288求调剂,一志愿华南理工大学071005 +4 ioodiiij 2026-03-17 4/200 2026-03-18 12:36 by Linda Hu
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +6 困于星晨 2026-03-17 6/300 2026-03-18 10:21 by kkcoco25
[考研] 328求调剂,英语六级551,有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-16 8/400 2026-03-17 19:03 by Wangjingyue
[考研] 268求调剂 +8 一定有学上- 2026-03-14 9/450 2026-03-17 17:47 by laoshidan
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 293求调剂 +6 世界首富 2026-03-11 6/300 2026-03-17 17:04 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 中科院材料273求调剂 +4 yzydy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 15:59 by Gaodh_82
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:05 by njzyff
[考研] 复试调剂 +3 呼呼?~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。,。,。,。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见