应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 程序代码 » 计算机模拟药物分子结构的建议
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
131/2返回列表12下一页
查看: 2007  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

powerke

木虫 (小有名气)

[求助] 计算机模拟药物分子结构的建议

老板让我学习计算机模拟方面的书，自己设计一个药物分子。但是网上的软件一大堆，各位做过药物模拟的同学们给个建议，用哪款软件？学学习时要注意哪些方面？小弟是做合成的，仅仅就是模拟一个出来自己合成测试活性。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
坚持每天看一篇英文文献
1楼 2011-04-21 12:24:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

★
powerke(金币+5): 2011-04-22 13:43:10
ben_ladeng(金币+1): 谢谢交流 2011-04-22 17:23:43
建议看看徐筱杰的《计算机辅助药物设计》，还有徐文方的《药物设计学》。具体软件做QSAR建议用SYBYL，当然，SYBYL里面还有很多模块，分子对接、同源模建、动力学模拟等，不过QSAR做的算是比较好的。药效团建议用catalyst。分子对接建议用GOLD，这个是收费的，学术版的AUTODOCK也不错。动力学可以用GROMCAS。论坛里有很多介绍的。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-04-21 17:48:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gancs7894

金虫 (著名写手)
治疗什么疾病的药物分子，确定靶点吗，有靶点的晶体结构吗
赞一下 回复此楼
3楼2011-04-21 21:55:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

powerke

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gancs7894 at 2011-04-21 21:55:07:
治疗什么疾病的药物分子，确定靶点吗，有靶点的晶体结构吗

治疗癌症的，有靶点，晶体结构没有的，只要模拟一下活性，选最好的就行了
赞一下 回复此楼
坚持每天看一篇英文文献
4楼2011-04-21 22:00:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by powerke at 2011-04-21 22:00:37:
治疗癌症的，有靶点，晶体结构没有的，只要模拟一下活性，选最好的就行了

模拟是最好的，活性也不一定是最好的哦

要是想简单的模拟一下可以用的docking软件如下：

MVD, SYBYL, DS，当然还有很多其它的呵呵

略知一点点的我飘过
赞一下 回复此楼
5楼2011-04-21 22:46:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

powerke

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-21 22:46:04:
模拟是最好的，活性也不一定是最好的哦

要是想简单的模拟一下可以用的docking软件如下：

MVD, SYBYL, DS，当然还有很多其它的呵呵

略知一点点的我飘过

谢谢了，头很大
回复此楼
坚持每天看一篇英文文献
6楼2011-04-22 08:58:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lasteye

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

powerke(金币+5): 2011-04-22 13:43:24
靶点结构未知，恐怕要同源建模啊。能具体说说是哪个靶点吗？或许我可以帮你。
赞一下 回复此楼
愿为“中国创造”倾尽绵薄之力。
7楼2011-04-22 12:35:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

powerke

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lasteye at 2011-04-22 12:35:48:
靶点结构未知，恐怕要同源建模啊。能具体说说是哪个靶点吗？或许我可以帮你。

是EGFR抑制剂，找个已报道的结构，修改一下基团，测试活性。
赞一下 回复此楼
坚持每天看一篇英文文献
8楼2011-04-22 12:49:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lasteye

金虫 (小有名气)
EGFR的激酶结构域的晶体结构有报道啊，pdb数据库里可以查到，而且还有大量已知的小分子抑制剂可以参考，要设计一个新的活性分子并不难
赞一下 回复此楼
愿为“中国创造”倾尽绵薄之力。
9楼2011-04-22 13:20:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

powerke

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lasteye at 2011-04-22 13:20:23:
EGFR的激酶结构域的晶体结构有报道啊，pdb数据库里可以查到，而且还有大量已知的小分子抑制剂可以参考，要设计一个新的活性分子并不难

导师让我先用软件模拟一下，找个活性最好的，直接合成。这样可以少走些弯路吧
赞一下 回复此楼
坚持每天看一篇英文文献
10楼2011-04-22 13:23:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 powerke 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +7 不逢春 2026-04-05 8/400 2026-04-05 23:34 by 来看流星雨10
[考研] 求助071001调剂！！！ +3 黄守松 2026-04-05 4/200 2026-04-05 21:01 by barlinike
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业083200 +4 what张 2026-04-04 5/250 2026-04-05 14:07 by chw1980_0
[考研] 一志愿华中农业大学0710（A）初试329分 求调剂 +4 一名26考研生 2026-04-04 4/200 2026-04-05 10:01 by barlinike
[考研] 085602调剂 初试总分335 +12 19123253302 2026-04-04 12/600 2026-04-05 08:08 by 544594351
[考研] 286求调剂 +3 草木不言 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:40 by lbsjt
[考研] 359求调剂 +7 hhhhaaaa$ 2026-04-04 7/350 2026-04-04 18:49 by imissbao
[考研] 求调剂：085600材料与化工，考材科基，总分319 +21 678lucky 2026-03-31 26/1300 2026-04-04 16:22 by dongzh2009
[考研] 309求调剂 +4 快乐的小白鸽 2026-04-04 5/250 2026-04-04 15:55 by cql1109
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +39 洛神哥哥 2026-03-31 41/2050 2026-04-03 21:51 by qlm5820
[考研] 303求调剂 +10 DLkz1314. 2026-03-30 10/500 2026-04-03 18:03 by Jimmyandyou
[考研] 334求调剂 +9 Trying] 2026-03-31 9/450 2026-04-03 15:18 by 琢珥丶
[考研] 抱歉 +5 田洪有 2026-03-30 5/250 2026-04-03 10:24 by linyelide
[考研] 一志愿郑大材料工程290求调剂 +20 Youth_ 2026-03-30 20/1000 2026-04-02 14:48 by 5896
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +9 双马尾痞老板2 2026-04-01 9/450 2026-04-02 12:14 by oooqiao
[考研] 材料工程322分 +8 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 8/400 2026-04-02 11:53 by 3041
[考研] 377求调剂 +3 RASKIN 2026-04-02 3/150 2026-04-02 09:45 by zzchen2000
[考研] 省双一流重点一本大学招收调剂 +4 wwwwffffff 2026-03-31 7/350 2026-04-01 15:23 by wwwwffffff
[考研] 求0861交通运输专硕or材料专硕调剂 +4 勒布朗@ 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:54 by 一只好果子?
[考研] 一志愿西交大080500材料学硕349 +6 jqx1258 2026-03-31 7/350 2026-03-31 21:08 by yuq
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭