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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 程序代码 » 计算机模拟药物分子结构的建议
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powerke

木虫 (小有名气)

[求助] 计算机模拟药物分子结构的建议

老板让我学习计算机模拟方面的书，自己设计一个药物分子。但是网上的软件一大堆，各位做过药物模拟的同学们给个建议，用哪款软件？学学习时要注意哪些方面？小弟是做合成的，仅仅就是模拟一个出来自己合成测试活性。
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1楼 2011-04-21 12:24:55
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

★
powerke(金币+5): 2011-04-22 13:43:10
ben_ladeng(金币+1): 谢谢交流 2011-04-22 17:23:43
建议看看徐筱杰的《计算机辅助药物设计》，还有徐文方的《药物设计学》。具体软件做QSAR建议用SYBYL，当然，SYBYL里面还有很多模块，分子对接、同源模建、动力学模拟等，不过QSAR做的算是比较好的。药效团建议用catalyst。分子对接建议用GOLD，这个是收费的，学术版的AUTODOCK也不错。动力学可以用GROMCAS。论坛里有很多介绍的。
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2楼2011-04-21 17:48:10
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gancs7894

金虫 (著名写手)
治疗什么疾病的药物分子，确定靶点吗，有靶点的晶体结构吗
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3楼2011-04-21 21:55:07
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powerke

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gancs7894 at 2011-04-21 21:55:07:
治疗什么疾病的药物分子，确定靶点吗，有靶点的晶体结构吗

治疗癌症的，有靶点，晶体结构没有的，只要模拟一下活性，选最好的就行了
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4楼2011-04-21 22:00:37
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PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by powerke at 2011-04-21 22:00:37:
治疗癌症的，有靶点，晶体结构没有的，只要模拟一下活性，选最好的就行了

模拟是最好的，活性也不一定是最好的哦

要是想简单的模拟一下可以用的docking软件如下：

MVD, SYBYL, DS，当然还有很多其它的呵呵

略知一点点的我飘过
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5楼2011-04-21 22:46:04
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powerke

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-21 22:46:04:
模拟是最好的，活性也不一定是最好的哦

要是想简单的模拟一下可以用的docking软件如下：

MVD, SYBYL, DS，当然还有很多其它的呵呵

略知一点点的我飘过

谢谢了，头很大
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6楼2011-04-22 08:58:08
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lasteye

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

powerke(金币+5): 2011-04-22 13:43:24
靶点结构未知，恐怕要同源建模啊。能具体说说是哪个靶点吗？或许我可以帮你。
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愿为“中国创造”倾尽绵薄之力。
7楼2011-04-22 12:35:48
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powerke

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lasteye at 2011-04-22 12:35:48:
靶点结构未知，恐怕要同源建模啊。能具体说说是哪个靶点吗？或许我可以帮你。

是EGFR抑制剂，找个已报道的结构，修改一下基团，测试活性。
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8楼2011-04-22 12:49:19
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lasteye

金虫 (小有名气)
EGFR的激酶结构域的晶体结构有报道啊，pdb数据库里可以查到，而且还有大量已知的小分子抑制剂可以参考，要设计一个新的活性分子并不难
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愿为“中国创造”倾尽绵薄之力。
9楼2011-04-22 13:20:23
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powerke

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lasteye at 2011-04-22 13:20:23:
EGFR的激酶结构域的晶体结构有报道啊，pdb数据库里可以查到，而且还有大量已知的小分子抑制剂可以参考，要设计一个新的活性分子并不难

导师让我先用软件模拟一下，找个活性最好的，直接合成。这样可以少走些弯路吧
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10楼2011-04-22 13:23:40
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