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求助GenBank提交序列遇到的棘手问题
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我是做真核生物的某个在环境中的多样性，分别从DNA和cDNA两方面做了克隆和测序，在提交序列后，GenBank数据库给我了以下问题： DNA序列： 1.The following coding region spans have a very short intron which suggestst that the provided spans are incorrect. Please provide the correct spans. SEQ_FEAT:Short Intron HQ835335:CDS laccase (gb|HQ835335|:<1-21, gb|HQ835335|:37-90, gb|HQ835335|:97-153, gb|HQ835335|:185->209) 2.We noticed that one or more of the exon-intron boundaries do not conform to the splicedonor/acceptor consensus sequences, GT and AG, respectively: Splice donor consensus (GT) not found after exon ending at position gb|HQ835316| CDS GT at 33 cDNA序列： Upon doing an alignment of your sequences, we noticed that there may be reading frame shifts in the following translations: Insertion at position 21 Gap: 118 Non-gap: 3 HQ836128,HQ836084,HQ836088 以上各种问题只举了一个例子。 由于我不是做分子生物出生的，很多问题不解。我在回复时说，我这是引用某某文献的引物，对环境中微生物某功能基因多样性的进行了研究，所获得序列与某某文献中是相似的结构。对于为何出现以上问题，我也不是很清楚。 GenBank数据库的回复如下： Since your are unable to resolve the errors, including the stop codons, associated with your sequences we will remove the coding regions and replace them with misc_features and add these these sequences to the Unverified division of GenBank. You may always update your sequnces at any time. You should receive your GenBank flatfiles for review shortly. Since the flatfile record is a display format only and is not an editable format of the data, do not make changes directly to a flatfile. For complete information about different methods to update a sequence record, see: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/update.html 请各位帮我想下，我应该怎么回复？实在是不解啊。 小女子先谢过各位啦~~ |
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3楼2014-02-08 18:07:12
scelab
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2楼2011-06-04 18:00:56
