| 查看: 994 | 回复: 2 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
求助GenBank提交序列遇到的棘手问题
|
||
|
我是做真核生物的某个在环境中的多样性，分别从DNA和cDNA两方面做了克隆和测序，在提交序列后，GenBank数据库给我了以下问题： DNA序列： 1.The following coding region spans have a very short intron which suggestst that the provided spans are incorrect. Please provide the correct spans. SEQ_FEAT:Short Intron HQ835335:CDS laccase (gb|HQ835335|:<1-21, gb|HQ835335|:37-90, gb|HQ835335|:97-153, gb|HQ835335|:185->209) 2.We noticed that one or more of the exon-intron boundaries do not conform to the splicedonor/acceptor consensus sequences, GT and AG, respectively: Splice donor consensus (GT) not found after exon ending at position gb|HQ835316| CDS GT at 33 cDNA序列： Upon doing an alignment of your sequences, we noticed that there may be reading frame shifts in the following translations: Insertion at position 21 Gap: 118 Non-gap: 3 HQ836128,HQ836084,HQ836088 以上各种问题只举了一个例子。 由于我不是做分子生物出生的，很多问题不解。我在回复时说，我这是引用某某文献的引物，对环境中微生物某功能基因多样性的进行了研究，所获得序列与某某文献中是相似的结构。对于为何出现以上问题，我也不是很清楚。 GenBank数据库的回复如下： Since your are unable to resolve the errors, including the stop codons, associated with your sequences we will remove the coding regions and replace them with misc_features and add these these sequences to the Unverified division of GenBank. You may always update your sequnces at any time. You should receive your GenBank flatfiles for review shortly. Since the flatfile record is a display format only and is not an editable format of the data, do not make changes directly to a flatfile. For complete information about different methods to update a sequence record, see: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/update.html 请各位帮我想下，我应该怎么回复？实在是不解啊。 小女子先谢过各位啦~~ |
回复此楼» 猜你喜欢
化工专硕342，一志愿大连理工大学，求调剂
已经有4人回复
-
0856化工专硕求调剂
已经有8人回复
-
材料学硕318求调剂
已经有10人回复
-
0805总分292，求调剂
已经有4人回复
-
285求调剂
已经有8人回复
-
刚录用，没有期刊号，但是在线可看的论文可以放为代表作吗
已经有3人回复
-
0856求调剂285
已经有7人回复
-
313求调剂
已经有3人回复
-
材料化工调剂
已经有10人回复
-
295求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 一个细菌测序后的基因与genbank里比对最大相似度只有90%，什么原因？
已经有12人回复
- 克隆某一功能基因的全长，要不要做Race？
已经有7人回复
- genbank中的DNA序列方向与mrna方向？？
已经有3人回复
- 如何将Genbank序列导入BEAST或BEAUti软件
已经有7人回复
- 在做系统发育树的时候，如何从genbank上选择下载同源序列呢
已经有10人回复
- 用BankIt在线向Genbank数据库提交序列
已经有265人回复
- 请问在GenBank上找到了一条序列，怎样知道作者所用引物的序列？
已经有9人回复
- 标书有必要将菌株号、Genbank登录号都交代清楚吗？
已经有8人回复
- 幼稚问题一个，在Genbank上查某基因，为何会出现两个mRNA，两个CDS区？
已经有12人回复
- 向genbank发送sequin邮件要写怎么写？大家平安夜快乐呦~~
已经有4人回复
- 寻求把细菌的16s rDNA序列提交到Genbank，申请accession number 的专家-谢谢！
已经有3人回复
- 细菌鉴定--blast后一定要再到Genbank中检索才能确定什么菌，得到accession number吗？
已经有12人回复
- 向genbank提交序列之后，收到一信件，需要提供有关样品的信息？有人遇到过么？救赎
已经有19人回复
- 向GENBANK提交的序列能随后修改吗？
已经有5人回复
- 我向Genbank提交了序列并收到了登录号，可我把那封邮件弄没了，怎么再获得登录号？
已经有12人回复
- 求教如何通过GenBankTM/EBI Data Bank 查到核酸序列
已经有5人回复
- 【求助/交流】如何从GENBANK上查询菌株的的Acession No
已经有5人回复
- 【求助/交流】求关于序列上传到GENBANK的相关问题
已经有5人回复
- 已拿到Genbank的accession number，想修改作者信息，怎么办？
已经有3人回复
- 【求助/交流】有登陆号，如何批量从Genbank中导出fasta格式的核酸序列
已经有6人回复
- 【求助/交流】用sequin去GenBank申请登录号遇到问题
已经有12人回复
- 【求助/交流】求助：如何能在genbank中快速批量下载序列
已经有6人回复
- 【求助/交流】关于序列去genbank比对的问题
已经有11人回复
- Genbank的编号及blast
已经有12人回复
3楼2014-02-08 18:07:12
scelab
荣誉版主 (文坛精英)
小木虫之有关部门负责人
- MicEPI: 5
- 应助: 63 (初中生)
- 贵宾: 1.475
- 金币: 8294.6
- 散金: 4158
- 红花: 39
- 沙发: 99
- 帖子: 21277
- 在线: 3169.3小时
- 虫号: 482065
- 注册: 2007-12-20
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
- 管辖: 微生物
2楼2011-06-04 18:00:56
10