24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 566  |  回复: 2

gxsulong

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 从固定MD中提取不同构象跑不固定MD?

我现在碰到一个搞不懂的问题想向大家请教:我做完固定MD后(1ns)想从出来的trr文件中提取不同的构象(不同时间段的构象)来做后面的不固定MD,应该怎么做?谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

霉菌
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★
gxsulong(金币+1): 谢谢参与 2011-05-23 15:36:57
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-05-23 22:41:49
如果楼主是做NAMD的话,可以把不同时刻的构象的pdb提取出来,作为你的输入文件。因为动力学模拟是根据位置来计算能量,进而确定加速度以及下一时刻的位置的。具体做法:
set all [atomselect top all] (此刻的“top”显示的应该是你需要提取的构象)
$all writepdb ****.pdb
没有雨伞的孩子只能奔跑!
2楼2011-05-23 12:13:50
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gxsulong

至尊木虫 (著名写手)

我用的是Gromacs,不过现在问题已经解决了。谢谢
霉菌
3楼2011-05-23 15:36:41
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gxsulong 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 找调剂 +7 楚乔乔 2026-04-01 7/350 2026-04-05 09:07 by dick_runner
[考研] 求调剂 +4 晟功? 2026-04-03 4/200 2026-04-04 21:58 by hemengdong
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +11 努力奋斗112 2026-04-04 11/550 2026-04-04 20:51 by 蓝云思雨
[考研] 338求调剂 +7 晟功? 2026-04-03 7/350 2026-04-04 20:37 by 蓝云思雨
[考研] 化工调剂303分,过四级 +28 栖梧待风 2026-04-02 28/1400 2026-04-03 21:40 by qlm5820
[考研] 材料专硕调剂 +18 椰椰。 2026-03-29 18/900 2026-04-03 16:45 by 玲玲0606
[考研] 334求调剂 +9 Trying] 2026-03-31 9/450 2026-04-03 15:18 by 琢珥丶
[考研] 282求调剂 不挑专业 求收留 +7 Yam. 2026-03-30 8/400 2026-04-03 14:12 by zhangdingwa
[考研] 数一英一285求调剂 +7 AZMK 2026-04-03 9/450 2026-04-03 13:03 by ms629
[考研] 298求B区调剂 +4 zzz,,r 2026-04-02 5/250 2026-04-02 12:17 by 土木硕士招生
[考研] 0856初试324分求调剂 +6 想上学求调 2026-04-01 6/300 2026-04-02 11:42 by 星空星月
[考研] 一志愿北京科技,085601总分305求调剂 +9 半生瓜! 2026-04-01 11/550 2026-04-02 08:28 by Wang200018
[考研] 302求调剂一志愿北航070300,本科郑大化学 +8 圣日耳曼条 2026-04-01 11/550 2026-04-02 07:40 by chemdavid
[考研] 085600,320分求调剂 +5 大馋小子 2026-04-01 6/300 2026-04-01 19:40 by 唐沐儿
[考研] 303分 0807学硕求调剂 +3 TYC3632 2026-04-01 3/150 2026-04-01 19:24 by lwk2004
[考研] 0855机械初试280求调剂 +3 kazenotori 2026-03-31 3/150 2026-04-01 10:08 by JourneyLucky
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +5 双马尾痞老板2 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:04 by oooqiao
[考研] 335求调剂 +3 321* 2026-03-31 4/200 2026-04-01 00:00 by 321*
[考研] 一志愿中海洋材料357 +4 麦恩莉. 2026-03-30 4/200 2026-03-31 14:35 by 记事本2026
[考研] 吉大生物学326分求调剂 +3 sunnyupup 2026-03-31 3/150 2026-03-31 09:28 by longlotian
信息提示
请填处理意见