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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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gxsulong

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 从固定MD中提取不同构象跑不固定MD?

我现在碰到一个搞不懂的问题想向大家请教:我做完固定MD后(1ns)想从出来的trr文件中提取不同的构象(不同时间段的构象)来做后面的不固定MD,应该怎么做?谢谢
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霉菌
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★
gxsulong(金币+1): 谢谢参与 2011-05-23 15:36:57
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-05-23 22:41:49
如果楼主是做NAMD的话,可以把不同时刻的构象的pdb提取出来,作为你的输入文件。因为动力学模拟是根据位置来计算能量,进而确定加速度以及下一时刻的位置的。具体做法:
set all [atomselect top all] (此刻的“top”显示的应该是你需要提取的构象)
$all writepdb ****.pdb
没有雨伞的孩子只能奔跑!
2楼2011-05-23 12:13:50
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gxsulong

至尊木虫 (著名写手)

我用的是Gromacs,不过现在问题已经解决了。谢谢
霉菌
3楼2011-05-23 15:36:41
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