[求助] 从固定MD中提取不同构象跑不固定MD？

我现在碰到一个搞不懂的问题想向大家请教：我做完固定MD后（1ns）想从出来的trr文件中提取不同的构象（不同时间段的构象）来做后面的不固定MD，应该怎么做？谢谢

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霉菌

1楼 2011-05-23 10:47:00

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liqingwen

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

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gxsulong(金币+1): 谢谢参与 2011-05-23 15:36:57
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-05-23 22:41:49

如果楼主是做NAMD的话，可以把不同时刻的构象的pdb提取出来，作为你的输入文件。因为动力学模拟是根据位置来计算能量，进而确定加速度以及下一时刻的位置的。具体做法：
set all [atomselect top all] (此刻的“top”显示的应该是你需要提取的构象)
$all writepdb ****.pdb