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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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conewq

银虫 (初入文坛)

[求助] 能否用Pipeline Pilot将核酸序列转为结构?

小弟现在有一些核酸序列(形如:GAAATGGATCCGCT...)。想用pipeline pilot批量转成三维结构(mol2之类),不知道pipeline pilot里面有没有能够实现这一功能的component?若没有的话,请问各位大侠有没有其他软件可以批量转核酸序列为结构的?多谢~~
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ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-05-14 22:42:15
弄了个简单的,你试试。
√:寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
2楼2011-05-14 15:03:08
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conewq

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by ts2009 at 2011-05-14 15:03:08:
弄了个简单的,你试试。

你好 我试了下 但是Mol2 Writer报错 错误信息为:Data type "SciTegic.interface.iMolecule" is not found in the current data record. 我先用DS生成了序列的输入文件(*.bsml)。我用Accelrys DS Visualizer替换了Mol2 Writer,也会报类似的错误:The expression tried to calculate the property "coorddimension"  but the calculation failed: Data type "SciTegic.data.Molecule" is not found in the current data record.
不知道是不是还是输入文件的问题。



3楼2011-05-15 12:58:39
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ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民

【答案】应助回帖


zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-05-16 07:55:19
conewq(金币+2): 2011-06-07 13:21:19
应该是你输入的文件的格式有错误,你可以在PP里面看看核酸序列要求的格式是什么样的,再试试。祝好运
√:寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
4楼2011-05-15 15:44:46
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