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yhy322

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】引物特异性PCR(SSP-PCR)检测SNP,是不是容易出现杂带呀 已有6人参与

用引物特异性PCR检测单点突变,下游引物一样,上游引物只差一个碱基。分别在两个体系(体系1和体系2)中进行PCR,我觉得结果应该是纯合子只有在体系1或体系2二者之一中有条带,杂合子两个体系都有带,且为同样亮度的。
    但为什么我的结果总会是在一个体系中有清晰条带,另一体系中也有模糊条带。是不是这种方法容易出现这种情况,可不可以认为只要不是同等亮度的都可判断为纯合型?
    请各位大侠指教!非常感谢!
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yhy322

铁虫 (初入文坛)

谢谢,各位。
我的两个产物大小一样600多bp,不能放到一个体系中。每个体系也都有质控带,指控带很清晰250bp.提高退火温度1度后指控带变弱了。感觉反映条带变化不明显!
下一次加DMSO试试

8楼2011-04-08 14:09:41
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xwsooo

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+4): 很可爱的回复 很有用 2011-04-08 11:14:33
唔,握爪,你跟我做的好像啊。。。“下游引物一样,上游引物只差一个碱基”。我在两个体系中也遇到过这样的问题,你可以提高退火温度或加DMSO看看,可能有些是非特异性条带。。。我原先以为做这个特异性很难保证,但现在看来特异性还是可以的,没有遇到什么非特异性条带(我现在已经合成一个体系了)
2楼2011-04-08 10:19:16
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Starring

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+2): 鼓励 2011-04-08 11:14:42
我和你用的方法是一样的,检测出来的都是杂合子,我都快要崩溃了,不知道是不是方法有问题。
3楼2011-04-08 10:30:55
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xwsooo

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
嗯,看来这个问题还有共性,值得讨论一下~~~~
4楼2011-04-08 12:05:12
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