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【求助成功】vc-relax优化后的
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昨天试了试vc-relax优化，但是优化后输出的结果只有cell-parameter，和晶胞体积，和原子坐标输出…………请问从中如何看出晶格常数是如何变化的………… [ Last edited by 改王之王 on 2011-4-3 at 10:04 ] |
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4楼2011-04-02 10:07:27
2楼2011-04-02 09:36:39
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+3): 谢谢指点 2011-04-02 10:07:45
zzy870720z(1ST强帖+1): 很详细，呵呵 2011-04-02 14:15:51
改王之王(金币+3): 感谢…………这下理解了……呵呵 2011-04-03 10:03:35
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+3): 谢谢指点 2011-04-02 10:07:45
zzy870720z(1ST强帖+1): 很详细，呵呵 2011-04-02 14:15:51
改王之王(金币+3): 感谢…………这下理解了……呵呵 2011-04-03 10:03:35
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cell-parameter不就是晶格常数么？比如cell-parameter的单位为alat=x，则x就是晶格常数的基数，其单位为Bohr。 然后，比如cell-parameter的第一行，意义为a方向的矢量，从左到右三个数分别代表： 1->在迪卡尔坐标系中x轴上投影长度，单位是alat。 2->与迪卡尔坐标中y轴夹角的余弦。 3->与迪卡尔坐标中z轴夹角的余弦。 这里一定要分清楚作为参考系的迪卡尔坐标和晶向a,b,c，是不一定重合的，所以才有了夹角和投影长度。所以，通过该cell-parameter可以回推晶格的变化。 其实CASTEP里也用了同样的方法表示晶格，只不过CASTEP最后还把这个表示方法做成了xsd模型图，看起来一目了然了而已~ |
3楼2011-04-02 10:05:40
5楼2011-04-02 16:44:22
6楼2011-04-02 20:56:34
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢总结 2011-04-03 10:34:58
zzy870720z(金币+1): 谢谢总结 2011-04-03 10:34:58
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现在明白了…………大感谢几位的热心解答………… 现在明白了，特别是对于直角坐标更好解释 例如 CELL_PARAMETERS (alat= 6.22300000) 0.997142196 0.000000000 0.000000000 -0.498571098 0.863550473 -0.000000000 0.000000000 -0.000000000 1.611099270 第一排只有第一列有值，就说明晶格常数a只在x轴上有投影，即acosθ=0.997，这时θ=0，所以a=0.977,然后在乘以6.223得6.205bohr就是a的晶格常数了………… 我用的xcrysden是1.4.1好像没这个功能，我下个新的试试…………呵呵 |
7楼2011-04-03 10:18:04
8楼2011-04-03 12:42:38
9楼2011-04-03 21:07:05
10楼2011-04-03 23:38:43
11楼2011-04-03 23:39:44
不知道直接下载原码版，能不能在Windows下编译啊~没用过Windows下的*nix环境，不敢乱说~ 12楼2011-04-03 23:50:45
13楼2011-04-04 08:43:29
14楼2011-04-09 14:59:04
15楼2011-05-10 08:03:26
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
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请问您这个转换方法的来源是哪里？因为我在用另外一个不同的转换方法，即我认为CELL PARAMETERS下面的三行并不是cell parameters, 而是cell vectors, 比如： CELL_PARAMETERS (alat= 19.80400009) 0.997610862 0.000000000 -0.003022554 0.000000000 0.596367719 0.000000000 -0.257837471 0.000000000 1.127252205 假如上面的矩阵元素依次为 x1, y1, z1 x2, y2, z2 x3, y3, z3 那么，先做一个转化，即上面矩阵的所有元素都乘以alat，得到绝对值，然后， A = x1^2 + y1^2 + z1^2 B = x2^2 + y2^2 + z2^2 C = x3^2 + y3^2 + z3^2 cos(alpha) = (B^2 +C^2 - |BC|^2) / 2*B*C cos(beta) = (A^2 +C^2 - |AC|^2) / 2*A*C cos(gama) = (A^2 +B^2 - |AB|^2) / 2*A*B 其中， |AB|^2 = (x2-x1)^2 + (y2-y1)^2 + (z2-z1)^2 |BC|^2 = (x3-x2)^2 + (y3-y2)^2 + (z3-z2)^2 |AC|^2 = (x3-x1)^2 + (y3-y1)^2 + (z3-z1)^2 这个显然跟你的算法不一样，不知道拿一个是正确的。我还没有检验，应该很简单，在excell里面很容易建立这样的转化。附件是我用Linux下的openoffice建立的转化表格。希望论坛里的朋友验证一下。 |
16楼2011-09-14 05:04:58
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请问您这个转换方法的来源是哪里？因为我在用另外一个不同的转换方法，即我认为CELL PARAMETERS下面的三行并不是cell parameters, 而是cell vectors, 比如： CELL_PARAMETERS (alat= 19.80400009) 0.997610862 0.000000000 -0.003022554 0.000000000 0.596367719 0.000000000 -0.257837471 0.000000000 1.127252205 假如上面的矩阵元素依次为 x1, y1, z1 x2, y2, z2 x3, y3, z3 如果我们把上面的每一行看成是晶胞每个边的顶点的坐标值，则很容易根据向量的长度公式和夹角公式得到晶胞参数。 即，首先做一个转化，把上面矩阵的所有元素都乘以alat，得到绝对值，然后， A = x1^2 + y1^2 + z1^2 B = x2^2 + y2^2 + z2^2 C = x3^2 + y3^2 + z3^2 cos(alpha) = (B^2 +C^2 - |BC|^2) / 2*B*C cos(beta) = (A^2 +C^2 - |AC|^2) / 2*A*C cos(gama) = (A^2 +B^2 - |AB|^2) / 2*A*B 其中， |AB|^2 = (x2-x1)^2 + (y2-y1)^2 + (z2-z1)^2 |BC|^2 = (x3-x2)^2 + (y3-y2)^2 + (z3-z2)^2 |AC|^2 = (x3-x1)^2 + (y3-y1)^2 + (z3-z1)^2 求夹角alpha要做一个弧度变换，即 alpha = arccos[cos(alpha)*] 这个显然跟你的算法不一样，不知道拿一个是正确的。我还没有检验，应该很简单，在excell里面很容易建立这样的转化。附件是我分别用Microsoft Excel和Linux下的openoffice建立的转化表格。希望论坛里的朋友验证一下。[ Last edited by ChemiAndy on 2011-9-13 at 09:45 ] |
17楼2011-09-14 05:05:30
18楼2011-09-24 03:07:16
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20楼2019-01-02 22:12:12