| 查看: 4192 | 回复: 19 | |||
| 本帖产生 1 个 1ST强帖 ，点击这里进行查看 | |||
[交流]
【求助成功】vc-relax优化后的
|
|||
|
昨天试了试vc-relax优化，但是优化后输出的结果只有cell-parameter，和晶胞体积，和原子坐标输出…………请问从中如何看出晶格常数是如何变化的………… [ Last edited by 改王之王 on 2011-4-3 at 10:04 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
求个博导看看
已经有16人回复
-
上海工程技术大学张培磊教授团队招收博士生
已经有4人回复
-
上海工程技术大学【激光智能制造】课题组招收硕士
已经有5人回复
-
求助院士们，这个如何合成呀
已经有4人回复
-
临港实验室与上科大联培博士招生1名
已经有9人回复
-
需要合成515-64-0，50g，能接单的留言
已经有4人回复
-
自荐读博
已经有4人回复
-
写了一篇“相变储能技术在冷库中应用”的论文，论文内容以实验为主，投什么期刊合适？
已经有6人回复
-
带资进组求博导收留
已经有10人回复
-
最近几年招的学生写论文不引自己组发的文章
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 晶体模型几何优化后，所得结果反而不如未优化的模型
已经有19人回复
- CASTEP对优化后的晶体进行分态密度分析，应该怎么操作
已经有14人回复
- 优化后分子构型完全转变，求教如何解决
已经有7人回复
- castep优化后得到的xsd文件是倒空间，怎么显示正空间？
已经有7人回复
- Gaussian几何优化后的键长不合理
已经有41人回复
- 【求助】vc-relax得到的晶格常数偏小
已经有7人回复
- 【求助】结构优化后，stress仍然很大，如何解决？
已经有7人回复
- 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗
已经有22人回复
- 【讨论】H-BEA分子筛优化后结果和文献不一样，是怎么回i事？高手指点一下
已经有4人回复
- 【求助】Pwscf计算下的fractional coordinate
已经有5人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
双一流南京医科大学招计算机、AI、统计、生物信息等方向26年9月入学博士
+1/178
-
香港理工大学-应用生物与化学科技学系 招收2025年博士研究生
+2/138
-
江苏科技大学能源材料化学课题组张俊豪教授招收博士研究生1-2名
+1/85
-
Analytical Science Advances（Wiley出版社）长期征稿中...
+1/78
-
坐标上海，93年诚征女友
+1/63
-
深圳理工大学梁国进课题组招聘研究助理教授、博后多名（电化学储能方向）
+1/44
-
南京大学 统计与机器学习理论方向 博士招生
+1/30
-
盐湖所镁基储氢材料课题组招聘
+1/28
-
南科大夏海平院士-深大张平玉课题组联合招聘博士后
+1/28
-
有没有在ITO或者FTO玻璃上做好的CdS薄膜购买？
+1/27
-
大叔征婚
+1/23
-
天津大学化学系吴立朋课题组申请考核制博士招生/博后招聘-有机化学，金属有机
+1/12
-
博士生招生, 南京大学材料物理
+1/12
-
山东大学集成电路学院招收2026年9月入学的博士研究生
+1/11
-
谈谈考证那些事儿
+1/4
-
博士后网站系统登录
+1/3
-
北京师范大学与企业联合招聘博士后、全职、兼职人员
+1/1
-
中科院苏州医工所单细胞分析技术中心招聘公告（细胞分选、图像识别、流式应用方向）
+1/1
-
武汉工程大学杰青张亚文/司锐教授团队招收催化能源方向2026年博士生
+1/1
-
电催化博士求职
+1/1
4楼2011-04-02 10:07:27
2楼2011-04-02 09:36:39
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+3): 谢谢指点 2011-04-02 10:07:45
zzy870720z(1ST强帖+1): 很详细，呵呵 2011-04-02 14:15:51
改王之王(金币+3): 感谢…………这下理解了……呵呵 2011-04-03 10:03:35
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+3): 谢谢指点 2011-04-02 10:07:45
zzy870720z(1ST强帖+1): 很详细，呵呵 2011-04-02 14:15:51
改王之王(金币+3): 感谢…………这下理解了……呵呵 2011-04-03 10:03:35
|
cell-parameter不就是晶格常数么？比如cell-parameter的单位为alat=x，则x就是晶格常数的基数，其单位为Bohr。 然后，比如cell-parameter的第一行，意义为a方向的矢量，从左到右三个数分别代表： 1->在迪卡尔坐标系中x轴上投影长度，单位是alat。 2->与迪卡尔坐标中y轴夹角的余弦。 3->与迪卡尔坐标中z轴夹角的余弦。 这里一定要分清楚作为参考系的迪卡尔坐标和晶向a,b,c，是不一定重合的，所以才有了夹角和投影长度。所以，通过该cell-parameter可以回推晶格的变化。 其实CASTEP里也用了同样的方法表示晶格，只不过CASTEP最后还把这个表示方法做成了xsd模型图，看起来一目了然了而已~ |
3楼2011-04-02 10:05:40
5楼2011-04-02 16:44:22
6楼2011-04-02 20:56:34
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢总结 2011-04-03 10:34:58
zzy870720z(金币+1): 谢谢总结 2011-04-03 10:34:58
|
现在明白了…………大感谢几位的热心解答………… 现在明白了，特别是对于直角坐标更好解释 例如 CELL_PARAMETERS (alat= 6.22300000) 0.997142196 0.000000000 0.000000000 -0.498571098 0.863550473 -0.000000000 0.000000000 -0.000000000 1.611099270 第一排只有第一列有值，就说明晶格常数a只在x轴上有投影，即acosθ=0.997，这时θ=0，所以a=0.977,然后在乘以6.223得6.205bohr就是a的晶格常数了………… 我用的xcrysden是1.4.1好像没这个功能，我下个新的试试…………呵呵 |
7楼2011-04-03 10:18:04
8楼2011-04-03 12:42:38
9楼2011-04-03 21:07:05
10楼2011-04-03 23:38:43
11楼2011-04-03 23:39:44
不知道直接下载原码版，能不能在Windows下编译啊~没用过Windows下的*nix环境，不敢乱说~ 12楼2011-04-03 23:50:45
13楼2011-04-04 08:43:29
14楼2011-04-09 14:59:04
15楼2011-05-10 08:03:26
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
|
请问您这个转换方法的来源是哪里？因为我在用另外一个不同的转换方法，即我认为CELL PARAMETERS下面的三行并不是cell parameters, 而是cell vectors, 比如： CELL_PARAMETERS (alat= 19.80400009) 0.997610862 0.000000000 -0.003022554 0.000000000 0.596367719 0.000000000 -0.257837471 0.000000000 1.127252205 假如上面的矩阵元素依次为 x1, y1, z1 x2, y2, z2 x3, y3, z3 那么，先做一个转化，即上面矩阵的所有元素都乘以alat，得到绝对值，然后， A = x1^2 + y1^2 + z1^2 B = x2^2 + y2^2 + z2^2 C = x3^2 + y3^2 + z3^2 cos(alpha) = (B^2 +C^2 - |BC|^2) / 2*B*C cos(beta) = (A^2 +C^2 - |AC|^2) / 2*A*C cos(gama) = (A^2 +B^2 - |AB|^2) / 2*A*B 其中， |AB|^2 = (x2-x1)^2 + (y2-y1)^2 + (z2-z1)^2 |BC|^2 = (x3-x2)^2 + (y3-y2)^2 + (z3-z2)^2 |AC|^2 = (x3-x1)^2 + (y3-y1)^2 + (z3-z1)^2 这个显然跟你的算法不一样，不知道拿一个是正确的。我还没有检验，应该很简单，在excell里面很容易建立这样的转化。附件是我用Linux下的openoffice建立的转化表格。希望论坛里的朋友验证一下。 |
16楼2011-09-14 05:04:58
|
请问您这个转换方法的来源是哪里？因为我在用另外一个不同的转换方法，即我认为CELL PARAMETERS下面的三行并不是cell parameters, 而是cell vectors, 比如： CELL_PARAMETERS (alat= 19.80400009) 0.997610862 0.000000000 -0.003022554 0.000000000 0.596367719 0.000000000 -0.257837471 0.000000000 1.127252205 假如上面的矩阵元素依次为 x1, y1, z1 x2, y2, z2 x3, y3, z3 如果我们把上面的每一行看成是晶胞每个边的顶点的坐标值，则很容易根据向量的长度公式和夹角公式得到晶胞参数。 即，首先做一个转化，把上面矩阵的所有元素都乘以alat，得到绝对值，然后， A = x1^2 + y1^2 + z1^2 B = x2^2 + y2^2 + z2^2 C = x3^2 + y3^2 + z3^2 cos(alpha) = (B^2 +C^2 - |BC|^2) / 2*B*C cos(beta) = (A^2 +C^2 - |AC|^2) / 2*A*C cos(gama) = (A^2 +B^2 - |AB|^2) / 2*A*B 其中， |AB|^2 = (x2-x1)^2 + (y2-y1)^2 + (z2-z1)^2 |BC|^2 = (x3-x2)^2 + (y3-y2)^2 + (z3-z2)^2 |AC|^2 = (x3-x1)^2 + (y3-y1)^2 + (z3-z1)^2 求夹角alpha要做一个弧度变换，即 alpha = arccos[cos(alpha)*] 这个显然跟你的算法不一样，不知道拿一个是正确的。我还没有检验，应该很简单，在excell里面很容易建立这样的转化。附件是我分别用Microsoft Excel和Linux下的openoffice建立的转化表格。希望论坛里的朋友验证一下。[ Last edited by ChemiAndy on 2011-9-13 at 09:45 ] |
17楼2011-09-14 05:05:30
18楼2011-09-24 03:07:16
19楼2011-09-24 08:13:36
20楼2019-01-02 22:12:12