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改王之王

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助成功】vc-relax优化后的

昨天试了试vc-relax优化，但是优化后输出的结果只有cell-parameter，和晶胞体积，和原子坐标输出…………请问从中如何看出晶格常数是如何变化的…………

[ Last edited by 改王之王 on 2011-4-3 at 10:04 ]

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1楼 2011-04-02 08:58:03

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ChemiAndy

木虫 (正式写手)

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引用回帖:

3楼: Originally posted by souledge at 2011-04-01 14:05:40:
cell-parameter不就是晶格常数么？比如cell-parameter的单位为alat=x，则x就是晶格常数的基数，其单位为Bohr。
然后，比如cell-parameter的第一行，意义为a方向的矢量，从左到右三个数分别代表：
1->在迪卡尔 ...

请问您这个转换方法的来源是哪里？因为我在用另外一个不同的转换方法，即我认为CELL PARAMETERS下面的三行并不是cell parameters, 而是cell vectors, 比如：
CELL_PARAMETERS (alat= 19.80400009)
0.997610862 0.000000000  -0.003022554
0.000000000 0.596367719 0.000000000
  -0.257837471 0.000000000 1.127252205
假如上面的矩阵元素依次为
x1, y1, z1
x2, y2, z2
x3, y3, z3
如果我们把上面的每一行看成是晶胞每个边的顶点的坐标值，则很容易根据向量的长度公式和夹角公式得到晶胞参数。

即，首先做一个转化，把上面矩阵的所有元素都乘以alat，得到绝对值，然后，

A = x1^2 + y1^2 + z1^2
B = x2^2 + y2^2 + z2^2
C = x3^2 + y3^2 + z3^2

cos(alpha) = (B^2 +C^2 - |BC|^2) / 2*B*C
cos(beta)  = (A^2 +C^2 - |AC|^2) / 2*A*C
cos(gama)  = (A^2 +B^2 - |AB|^2) / 2*A*B

其中，
|AB|^2 = (x2-x1)^2 + (y2-y1)^2 + (z2-z1)^2
|BC|^2 = (x3-x2)^2 + (y3-y2)^2 + (z3-z2)^2
|AC|^2 = (x3-x1)^2 + (y3-y1)^2 + (z3-z1)^2

求夹角alpha要做一个弧度变换，即
alpha = arccos[cos(alpha)*]

这个显然跟你的算法不一样，不知道拿一个是正确的。我还没有检验，应该很简单，在excell里面很容易建立这样的转化。附件是我分别用Microsoft Excel和Linux下的openoffice建立的转化表格。希望论坛里的朋友验证一下。[ Last edited by ChemiAndy on 2011-9-13 at 09:45 ]

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17楼2011-09-14 05:05:30

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souledge

专家顾问 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+3): 谢谢指点 2011-04-02 10:07:45
zzy870720z(1ST强帖+1): 很详细，呵呵 2011-04-02 14:15:51
改王之王(金币+3): 感谢…………这下理解了……呵呵 2011-04-03 10:03:35

cell-parameter不就是晶格常数么？比如cell-parameter的单位为alat=x，则x就是晶格常数的基数，其单位为Bohr。
然后，比如cell-parameter的第一行，意义为a方向的矢量，从左到右三个数分别代表：
1->在迪卡尔坐标系中x轴上投影长度，单位是alat。
2->与迪卡尔坐标中y轴夹角的余弦。
3->与迪卡尔坐标中z轴夹角的余弦。
这里一定要分清楚作为参考系的迪卡尔坐标和晶向a,b,c，是不一定重合的，所以才有了夹角和投影长度。所以，通过该cell-parameter可以回推晶格的变化。
其实CASTEP里也用了同样的方法表示晶格，只不过CASTEP最后还把这个表示方法做成了xsd模型图，看起来一目了然了而已~

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3楼2011-04-02 10:05:40

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